药物筛选设计及分子模拟软件Schrodinger的使用(7)| 流程化的虚拟筛选

作者:石诚

来源:大科研小分享(Ai_Fen_Xiang2020)

背景介绍
大家好!小编最近太忙了,托更这么久,不好意思!
在之前的推文中,小编介绍了如何使用Schrodinger进行基于结构的虚拟筛选。其实Schrodinger还内置了一个流程化的虚拟筛选模块VSW(Virtual Screening Workflow),相比于之前介绍的Ligand Docking。这种流程化的模块筛选速度更快。
需要说明的是,这两种模式本质还是相同的,大家可根据自己的兴趣进行使用。
注意:没有基础的读者需阅读小编之前推送的文章:
药物筛选设计及分子模拟软件Schrodinger的使用(2) |  对接及基于受体的虚拟筛选(详细)
具体操作
1. 为了保持一个培养的操作习惯,我们在使用前最好改变一下工作目录,方便我们进行后续的文件查找
2. 接着分别导入我们小分子筛选库,以及蛋白质受体。并分别使用LigPrepProtein Preparation Wiziard进行结构准备(结构准备的意义及操作方式在之前的推文已经提及,这里不在叙述)
3. 结构准备结束后,我们使用Receptor Grid Generation设定蛋白质的结合位点。这里为了方便,小编直接选择了复合物中小分子所处位置作为对接位点。
4. 接着我们就可以在Task中搜索Virtual Screening Workflow并打开界面
在Input页面输入之前准备好的小分子库
在Filtering界面可以设定一些筛选规则比如成药五原则,去除去除一些无活性基团的小分子等,这一项不是必须的,因为后面我们还要挑。
第三个界面其实就是小分子结构准备的界面,因为之前已经准备了可以不勾选,如果没有结构准备可以勾选一下。
在Receptors这一界面中,我们可以添加一个或者多个受体网格。因为我们之前引进自己处理好了,所以直接导入我们处理好zip文件即可,如果之前没有处理好,需要选择第二个选择对接位点。
最后重点是Docking,在Docking界面中,我们可以设定一些参数,我们有时候会把第三个框点上,在结果中写入相互作用的信息。
与Ligdocking相比,VSW多了一个HTVS的筛选,这种筛选方法更快,适合我们进行大规模的筛选。
我门点击Options可以进门一些参数的设定,比如我们对接完后,仅保留百分之10的分子。

HTVS虽然快,但是结果与SP和XP相比,准确度没有那么高,所以如果时间足够的话建议不勾选HTVS这个选项,直接进行SP和XP对接筛选。
小编这个结果已经跑起来了,后续结果分析与之前的描述一样,这边就不放了。

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