差异分析,TIMER做散点图

信论文的套路

  1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析;

  2. 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要;

  3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性;

  4. cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一);

  5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二);

  6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。

前面,我们已经分享oncomine数据库做转录水平的差异分析,并推荐用oncomine+GEPIA双验证模式做差异分析。鉴于最新发表的论文和肿瘤浸润免疫细胞表型的分析,个人认为oncomine+TIMER双验证也是不错的组合。


对于单基因的差异分析,尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析,芒果建议采用这种方法,确实做到统筹兼顾,有局部聚焦(oncomine)全局通览(TIMER)的神奇效果。不过,在做多基因或者家族基因分析的时候,是选择oncomine+GEPIA双验证模式,而是选择oncomine+TIMER双验证,可以具体问题具体分析。


生信分析36

生信分析37

生信论文38 

TIMER数据库也是可以做差异表达分析的,而且还不错呢。在Diff Exp选项输入基因名称,点击submit即可生成。

TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况,主要提供B cells, CD4+ T cells, CD8+ T cells, Neutrphils, Macrophages and Dendritic cells等六种免疫细胞的浸润情况。界面友好,简单易学又方便。网址:https://cistrome.shinyapps.io/timer/。


TIMER网站分7个模块,其中前6个模块是对TCGA数据库的分析展示,第7个模块是对免疫细胞浸润比例进行评估。

基因模块,输入基因、肿瘤类型后,submit即可。

存活率模块。设定肿瘤类型,临床参数,免疫细胞类型和基因,还可以设定患者比例,存活时间,各种组合在一起,可以出很多图和表。功能强大。

突变模块,此部分内容相对局限,只有部分常见的突变基因列出。

SCNA模块,肿瘤和基因输入,submit即可。

差异表达分析。

相关性分析。

最后的评估模块其实是该数据库的特色。在掌握下载TCGA数据路数据的条件下,结合该数据库的这种功能,接近更高层次的论文。

比较起来,其实TIMER比TISIDB更简单,因为TISIDB的数据需要判断后选择可用的数据。在进行肿瘤免疫浸润分析时,最好能多角度分析。

生物医学科研方法

差异分析,oncomine做热图

2020-12-29 18:24:49

生物医学科研方法

文章接收后发现SI中有张图错了,可以在校稿时改吗?

2020-12-29 18:35:28