lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

导语

GUIDE 

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

Lnc2Cancer 3.0由哈尔滨医科大学李霞老师和宁尚伟老师课题组开发,发表在2020年10月13日发表在Nucleic Acids Research杂志上。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0
数据库介绍

Lnc2Cancer 3.0 (http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancerhttp://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/lnc2cancer) 是更新版本,该数据库主要存储包括实验支持的人类癌症相关的长非编码RNA (lncRNAs)和环状RNA (circRNAs)与相关数据。也包括通过高通量RNA测序技术(RNA-seq)和单细胞RNA-seq(scRNA-seq)分析lncRNA表达的工具。

Lnc2Cancer 3.0更新了几个新的特征:

1)增加了肿瘤相关lncRNA数目,目前的版本包括9254个lncRNA-癌症关联条目,其中涉及2659个lncRNA和216个癌症亚型;

2)新增加了1049个实验支持的与癌症相关的circRNAs,其中涉及743个circRNAs和70个癌症亚型;

3)提供实验支持的癌相关lncRNAs和circRNAs调控机制,涉及microRNAs、转录因子(TF)、遗传变异、甲基化和增强子;

4)补充了实验支持的癌症相关lncRNAs和circRNAs的生物学功能,包括细胞生长、凋亡、自噬、上皮间充质转化(EMT)、免疫和编码能力。

5)提供实验支持的癌症相关lncRNAs和circRNAs在转移、复发、循环、耐药性和预后方面的临床相关性

此外,Lnc2Cancer 3.0还开发了两个在线工具,包括RNA-seq和scRNA-seq web工具,以实现对癌症中lncRNAs的快速、可定制的分析和可视化Lnc2Cancer 3.0是一个对于阐明lncRNA、circRNA与癌症之间的关系有价值的资源。

Lnc2Cancer 3.0链接是http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer或http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/lnc2cancer,在使用时小编建议使用第二个链接,因为第一个有事会遇到一些图片无法显示的情况,第二个链接的不存在这种问题

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0
使用方法
01
首页

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

02
Browse浏览

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

右侧侧边栏可以对癌型、lncRNA和circRNA随意点击浏览。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

1. Cancer

点击breast cancer

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

显示乳腺组织中的相关条目,比如该组织中涉及的lncRNA或circRNA,是以何种实验方法进行检测,在乳腺组织中是差异上调还是下调,是否提供关于其机制、功能和临床功能的相关信息,pubmed ID,是否提供详细说明,以及其相应的箱式图、stage图、生存曲线、相似性分析图和网络图

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

下面以该RNA为例进行展示:

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

1 box plots :展示该癌型的肿瘤样本与正常样本比较所选的RNA的表达差异,使用wilcoxon秩和检验方法评估差异。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

(2)Stage plot:该图展示不同临床病理学stage分组下所选的RNA的表达差异,使用Kruskal-Wallis test方法评估差异。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

(3)Survival:基于所选RNA的表达均值将样本分成高低表达组, log-rank test检验两组样本OS或DFS差异

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

4Network:基于pearson相关性分析构建miRNA-lncRNA和mRNA-lncRNA 共表达网络

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0


2. lncRNA

选择lncRNA浏览相关数据

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

3. circRNA

选择circRNA浏览相关数据

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

03
Search检索

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

1. General Search通用检索

Lnc2Cancer 3.0可以通过多种方式搜索数据,可以通过lncRNA/circRNA名称、癌症名称或两者同时进行搜索。Lnc2Cancer 3.0还提供了模糊关键字搜索功能,通过返回最接近的可能匹配的记录,可以方便地进行搜索。

通用搜索提供模糊关键字搜索能力:(1)对于“LncRNA”,可以使用Gene Symbol(如MALAT1), Entrez Gene ID(如378938),Ensembl ID(如ENSG00000251562)等名称。(2)对于CircRNA,可以使用Gene Symbol (如 circHIPK3)和其他名称(如circ_0000284)。(3)对于癌型,可以使用癌症名称(如reast cancer)或ICD-0-3 code(如C50)。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

2. Advanced Search高级检索

高级搜索提供更详细和系统的搜索

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

04
Single Cell Web Tools单细胞工具

single cell web工具提供了关键的交互式和可定制的功能,包括基于49个单细胞数据集的lncRNAs的一般信息、聚类、热图和差异表达分析。基于单细胞测序的49个与20种人类癌症相关的lncRNA表达数据集来自GEO和已发表的文献

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

1. Cluster聚类

用户可以对单细胞数据进行聚类分析

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

2. Heatmap Plotting绘制热图

对上述不同类之间识别差异表达lncRNAs,这里提供根据这些差异表达lncRNAs绘制的热图,使用R包Seurat中的DoHeatmap函数。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

3. Differential Expression Analysis (DEA)差异表达分析

可以获得在自定义的log2FC和FDR阈值下差异表达的lncRNA信息和箱式图。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

05
RNA-seq Web Tools RNA-seq工具

RNA-seq web工具包含挖掘癌症相关lncRNA等功能,包括一般信息、差异表达分析、box作图、stage作图、生存分析、识别相似lncRNA、相关性分析、网络构建和TF模体预测。目前RNA-seq web工具中的数据集来自TCGA,包含lncRNAs 15878个,癌症类型33个,肿瘤9664个,正常对照样本711个。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

1.General Information一般信息

(前面介绍过了,这里不多介绍了)

2.Differential Expression Analysis (DEA) 差异表达分析

(前面介绍过了,这里不多介绍了)

3.Box Plotting 箱式图

(前面介绍过了,这里不多介绍了)

4.Stage Plotting临床stage绘图

(前面介绍过了,这里不多介绍了)

5.Survival Analysis生存分析

(前面介绍过了,这里不多介绍了)

 

6.Similar lncRNAs Identification识别相似lncRNA

这个功能能够识别出与输入的lucRNAs一组具有表达相似模式的lncRNA集合,限制相关系数>0.8,p<0.05。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

7.Correlation Analysis相关性分析

这里能够对感兴趣的两个lncRNA提供表达相关性分析。该功能允许用户应用自定义的相关分析方法,包括Pearson、Spearman和Kendall。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

8. Network Construction网络构建

(前面介绍过了,这里不多介绍了)


9. TF Motif PredictionTF模体预测

这个功能能够预测一个特定lncRNA的TF模体并提供由MEME Suite预测的TF和lncRNA的互作。提供了通过ggseqlogo包绘制的TF模体序列的LOGO图

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

 

06
Statistic数据统计

这里提供了不同的Lnc2Cancer版本包含的数据量情况,以及各位数据更新量对比,实验验证的关联关系数目,单细胞测序数据和RNA-seq数据情况,不同作用机制、功能和临床关联下lncRNA的数目和circRNA数目,以及包括的癌型分类。

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

07
Download数据下载

可直接下载的数据如下:

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0
小编总结

总结:

Lnc2Cancer 3.0增加了肿瘤相关lncRNA数目,还增加了1049个实验支持的与癌症相关的circRNAs,提供实验支持的癌相关lncRNAs和circRNAs调控机制,涉及microRNAs、转录因子(TF)、遗传变异、甲基化和增强子,补充了实验支持的癌症相关lncRNAs和circRNAs的生物学功能,包括细胞生长、凋亡、自噬、上皮间充质转化(EMT)、免疫和编码能力。提供实验支持的癌症相关lncRNAs和circRNAs在转移、复发、循环、耐药性和预后方面的临床相关性。此外,Lnc2Cancer 3.0还开发了两个在线工具,包括RNA-seq和scRNA-seq web工具,能够在基于TCGA的RNA-seq和49套scRNA-seq数据中对lncRNA进行分析。

 

引用:Gao Y, Shang S, Guo S, Li X, Zhou H, Liu H, Sun Y, Wang J, Wang P, Zhi H, Li X, Ning S, Zhang Y. Lnc2Cancer 3.0: an updated resource for experimentally supported lncRNA/circRNA cancer associations and web tools based on RNA-seq and scRNA-seq data. Nucleic Acids Res. 2020 Nov 21:gkaa1006. doi: 10.1093/nar/gkaa1006. Epub ahead of print. PMID: 33219685.

 

题外话:

这篇文章是小编在“作图丫”发的第70篇,感谢各位的支持,希望大家以后能继续支持“作图丫”,祝大家工作学习顺利~

lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

分析专辑

单细胞scRNA | R包绘图 | 免疫浸润分析 | 肿瘤纯度评估工具 | 数据库

文章解读专辑

多区域进化文章精读 | 高分文章精读 | 免疫微环境文献解读

END
lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

文字均为原创,欢迎读者分享或转发到朋友圈,任何公众号或其他媒体未经许可不得私自转载或抄袭。

作图丫分析作图群进群要求:转发任一篇“zuotuya”公众号文章至微信朋友圈,并附“作图丫关注绘图和精品分析,期待你的关注”,并获得10个赞后加小编微信“zuotuya”邀请你加入。

点击底部的“阅读原文”,直达绘图和项目微店。lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具:Lnc2cancer 3.0

听说点击“点赞/在看”的都是人美心善的小哥哥小姐姐!

生物医学科研方法

“病例对照研究”也能发BMJ杂志?作者用了一幅图征服了审稿专家

2020-12-29 21:34:39

生物医学科研方法

2020绘图大盘点

2020-12-29 22:56:05