疾病相关甲基化分析数据库

当我们拿到一个基因,常规分析它的高低表达及功能后,还能从哪方面入手呢?大家都知道DNA甲基化修饰在人类疾病中发挥重要作用,尤其影响癌的发生发展,所以我们可以来探讨一下目的基因的甲基化情况。之前的推荐的很多甲基化相关的数据库都是基于TCGA来分析肿瘤的。对于其他病种的可能少(这个主要还是其他病种的公共数据少引起的)。今天就给大家再介绍一个疾病相关的甲基化数据库。DiseaseMeth 2.0版(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/)。这个数据库专注于人类疾病的异常甲基化基因组

在数据库疾病汇总可以看到虽然大多数的还是肿瘤相关的数据库。但是也有类似于:二型糖尿病这种的疾病。

下面我们主要从以下两个方面进行简单介绍。

1. Search(检索功能)

下图可以看出大致从3个方向进行检索。

1.1   GeneSearch

根据基因名称或基因组位置搜索基因组区域的甲基化水平。

结果中,可以查看该基因在每一种癌中的病例组和对照组的甲基化平均水平的差异。

点开“view profiles,显示样品的分布图,水平的红线表示甲基化水平为1。

且结果可显示与该基因或基因组区域相关的每种疾病的热图。

1.2  DiseaseSearch

通过热图展现甲基化组相关的疾病。可以勾选多个选项,这里以胃癌为例,输入基因TP53,搜索:

根据结果,可以发现TP53在胃癌内的甲基化水平没有差异(P值)。

1.3 AdvanceSearch

使用基因名称/转录本ID或基因组位置来搜索基因组区域的甲基化水平。其中技术实验平台选项用于选择甲基化组的数据类型。

结果显示,胃癌内该目的片段的甲基化水平没有差异。

2. Analysis(分析)

包括差异分析、基因相关疾病、甲基化谱、功能注释和生存分析等。输入多个基因或疾病时也可包含基因-基因关系分析和疾病-疾病关系分析。

其中Disease选项用于选择感兴趣的疾病,可以选择多个;基因名称/转录本ID /基因组间隔用于设置感兴趣的基因组区域,可以输入多个项目;这里有4种检验方法,包括t检验,minfisamredgeR。这里疾病我们选择胃癌与结肠癌,输入3个基因进行示例:

 

结果将显示所选疾病中给定区域的差异分析,疾病-基因关系和甲基化分布的结果。

当我们想继续查询别的基因或者在此基础上新增一些基因或者疾病时,不必退出网页重来一遍,点击界面上方Show Query Box。

按需添加即可。

结果主要包括以下几个方面,其中红色代表有意义的条目。

例如:差异分析结果中,基因OR10K2在胃癌内的甲基化水平高低影响其表达情况。

基因与疾病之间的关系。

基因-基因的关系分析。

疾病-疾病的关系分析。

其他还有甲基化图谱,生存分析及功能富集分析(可直接链接到DAVID数据库)等,时间有限,在这里就不一一介绍啦,大家可以根据需要自行摸索鸭。

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