数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)

生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班,口碑爆棚,生物信息学入门省心省时省力!先看看大家的反馈吧:

  • 数据挖掘第一期学习反馈
  • 数据挖掘课程能带给你什么收获
  • 站在巨人的肩膀上看风景
  • 欢迎加入生信技能树小圈子
  • “生信入门过半“感想
  • 为什么选择生信技能树生信入门全球听(一个月马拉松式授课)
  • 花了那么多时间兜兜转转,我终于找对了门
  • 我一路风尘仆仆赶来,还好没和你擦肩

这里是生信技能树专为医学生/医生而准备的生信线上课程,如果你也想学习公共数据挖掘技能而苦于无人带领,想学习生信却对代码望而却步,这门课程可能是你最好的选择~


尽管很多生信宣传写着“无需学习R语言”,尽管很多声音会告诉你“网页工具就够用”,我们依然相信一分耕耘一分收获,生信博大精深,持续学习才是正道。当你有了更高的需求,网页工具无法满足时,就会看到R语言多么强大

数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)

曾经被问过很多次,学R语言难么?没有基础行不行?

使用R语言的人大多不是专业的程序员,而是生物学家、统计学家们,难度并不像其他编程语言那么阔怕。另外,我们的课程是从零基础开始讲的,重要的并不是现在有没有基础,而是肯不肯付出足够的时间和精力,去学习,去练习,去思考。只要你有决心,肯行动,请相信我们有足够的经验和实力,为你保驾护航!


学生信最好的时机是6年前,其次是现在啊。


不要犹豫了,滑到文末,找到生信技能树官方报名小助手微信,直接扫描二维码进行咨询并且报名参加,2021年的1月4号开课,长达3周直播辅导互动答疑你值得拥有,这绝对会是你人生最正确的决定之一。明年应该是3月份之后根据疫情被控制的情况选择性开启线下全国巡讲哦,敬请期待。

1 课程介绍

   

1.1 课程起源

   

生信技能树线下教学团队在生信菜鸟团博客、生信技能树论坛及同名公众号上万篇教程的基础上,经历 7 年沉淀和发展,又从线上走向线下,2019年 20+场“生信入门课”全国巡讲线下培训,探索设计了一套完全适合初学者入门且富有趣味的课程,循序渐进地带你越过初学生信的障碍,用优秀的数据分析与可视化技能为科研和工作增光添彩。

从 2019 年 11 月起,每月初的第一个周末(逢节假日有调动),我们团队都会在广州举办一次数据挖掘专场课程,小班授课;受疫情影响,线下培训无法按时开展,原来的全国巡讲改为了“全球听”,数据挖掘课也顺应潮流,推出线上课程,原来的两天课程改为三个周啦!

数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)

1.2 与全国巡讲全球听的异同点

   

相同点:前两周课程是完全一致的,都是 R 语言基础与 GEO 分析;

不同点:

全国巡讲全球听线上为期 4 周,后续2周课程是linux 基础和转录组上游、下游分析;对应的线下课程是在全国各城市巡回开班。

数据挖掘班第三周课程是GEO 进阶分析实战和 TCGA 数据分析;对应的线下课程目前仅在广州开设。3个星期的马拉松式直播授课原价4800,疫情期间半价回馈粉丝,所以学费是2399人民币。

(两个课程,都是报名线上课程后,如需再参加线下课程,补交 500 元场地费即可。线下课程主要是见面会和答疑为主,因为线上马拉松式课程设置非常完美,在我们教学团队的辅导下没有人一个月都学不会的!)

2 时间地点

   

时间:第10期(也就是今年最后一期)是2021年的1月4号开始,为期三周。这一期的时间安排是一个全新的尝试:第一周课是1月4-9,第二周课是1月11-16号,但是最后一周课是2月1-6号,也就是腊月二十五小年夜结课。

同样的每周五天课程(周三、周日休息),每天晚上 8:00~11:00,每次3 小时线上互动直播,总时长45 小时

地点:由你定,前提是需要稳定的网络,下载钉钉软件即可。

直播课程提供回放,即使你时间安排不开,也是可以第二天抽时间补上的,而且有专门的微信群答疑!

3 大纲

   

  • R 语言基础与强化训练

  • GEO 数据库挖掘分析思路与标准流程

  • 多数据集与多分组数据处理

  • 复现一篇 GEO 文献的全部图表

  • TCGA 介绍与示例文献解读

  • TCGA 数据库挖掘分析思路与分析流程

  • 一篇TCGA 文章解读与复现

  • 附送一篇单细胞数据挖掘文献图表复现视频及配套代码

(全程基于R语言,贴合医学生/临床医师需求,无需学习复杂的Linux技能!)

4 详细课表

   

数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)

5 课前准备与课后答疑

   

开课前一周为课前准备时间,团队会保障大家顺利安装软件、R 包;课后一个月为快速答疑期,将在微信群详细解答学员提出的问题。(群不解散,一个月后仍可提问,但不保证响应速度)

我们不仅关心你的课前课中课后,还设计了课上和课后的强化练习题,且会根据所有学员的反馈不断升级课程,因为用心,所以更好!

6 授课团队

   

孙老师,生信技能树核心成员,生信星球公众号创办人之一,简书、公众号原创作者、今日头条认证优质作者。自 2018 年 5 月起,在各写作平台分享了数百篇生物信息学笔记、教程,累计 20 万字(字数统计不包括代码),如《详解 R 数据科学》,《蛋白结构预测与分子对接》、《R 包 shiny 开发网页》、《ggplot2 作图》、《GEO 数据挖掘》、《TCGA》、《R 包开发》等系列;

2018 年 8 月至今,开办了几十期线上学习小组,指导了400+名生信小白零基础入门,十分了解初学者入门生信的障碍、心理和常见问题;

2019 年 1 月至今,担任生信技能树团队线下讲师,主讲了全国巡讲的 R 语言和 GEO 数据挖掘部分、广州专场 GEO 数据挖掘课和多场上门培训,累计 30 多场。

课堂轻松有趣,重点明确,讲练结合,给学员充分的练习和试错机会,掌握必备的数据处理、挖掘、可视化等技能。

配备生信技能树强大的助教队伍,他们基础扎实、数据分析经验丰富,并多次参与线上和线下课程助教工作,全方位保障你的入门!

7 学员福利

   

7.1 第一个福利 买一得五

   

报名2020数据挖掘线上班的全新教学项目者,除了可以参加45个小时的线上视频直播课程,以及一次免费广州的线下学习班(但需缴纳500元场地费)之外,还可以继续享受5个福利

Linux系统入门视频及配套习题免费领取

  • Linux云服务认识及登录

  • 操作系统目录和文件操作

  • 文本处理基础及进阶三驾马车

  • 元字符,通配符及shell中的各种扩展

  • 软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量

  • 任务提交及批处理

  • 软件安装及管理

  • 其它视频课程及PDF书籍全套

R语言系统入门视频及配套习题免费领取

  • 了解常量和变量概念

  • 加减乘除等运算(计算器)

  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)

  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)

  • 文件读取和写出

  • 简单统计可视化

  • 无限量函数学习

  • 其它视频课程及PDF书籍全套

RNA-seq数据分析视频及配套习题免费领取

RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程,而且是我们全国巡讲的标准品知识点,其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充:

  • RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同

  • RNAseq数据,下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析

但凡有Linux基础以及R语言认知,听完了我B站的RNA-seq分析流程都是可以迅速上手自己的项目啦!

而且我们还继续赠送单细胞转录组数据分析课程

GEO和TCGA数据挖掘视频及配套习题免费领取

GEO数据挖掘视频我们已经打磨好了多套无脑代码,在:一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码 ,和免费的数据分析付费的成品代码 。当然了,需要你具备R语言基础知识,才有可能看得懂和使用我们的完美代码!

关于TCGA数据挖掘,大多数需求其实也就是差异和相关性,生存分析等等,我们的视频目录如下:

  • P1-TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识

  • P2-TCGA-102-课程导读-如何使用我的github代码

  • P3-TCGA-103--TCGA数据库大有作用-不仅仅是灌水

  • P4-TCGA-201-背景介绍及网页工具大全

  • P5-TCGA-202-其它数据库介绍

  • P6-TCGA-203-使用Xena网页工具

  • P7-TCGA-204-使用firehose网页工具

  • P8-TCGA-205-文章规律讲解

  • P9-TCGA-301-数据下载方式导言

  • P10-TCGA-302-GDC下载数据实战

  • P11-TCGA-303-GDC数据整理

  • P12-TCGA-304-GDC下载数据续集

  • P13-TCGA-305-R-TCGA包下载数据及数据提取

  • P14-TCGA-306-使用GDC和firehose下载-TCGA的胃癌的甲基化信息数据

  • P15-TCGA-307-使用GDC和Xena下载RNA-Seq的表达矩阵并且比较

还有很多学员笔记:4个小时TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程又有学习笔记啦

表观调控等多组学分析视频及配套习题免费领取

  • 01 果蝇参考基因组和注释文件准备

  • 02 文献测序原始数据下载

  • 03 ChIP-seq 数据质量控制与过滤

  • 04 ChIP-seq 数据从比对到 Peaks calling

  • 05 RNA-seq 数据从比对到定量

  • 06 用幕布展示此课程目录

  • 07 验证目标基因的指定外显子 knock out 是否有效

  • 08 多个样本基因信号矩阵来相关性计算与可视化

  • 09 对RNA-seq数据找差异基因以及可视化

  • 10 根据差异倍数来计算样本间相关性

  • 11 使用 ChIPseeker 对单组 Peak 进行注释与可视化

  • 12 对多组 Peaks 进行批量注释与可视化

  • 13 通过 bw 文件来计算 ChIP-seq 样本间相关性

  • 14 探索ChIPQC 包用法并且查看 ChIP-seq 数据质量

  • 15 最新版参考基因组注释peaks之果蝇 dm6

  • 16 样本间 Peaks 交集韦恩图

  • 17 基因组版本注释转换

  • 18 使用 R 和 linux 对多个 bed 进行骚操作处理

  • 19 对单个 bed 文件和 bw 文件可视化

  • 20 多个 bw 文件进行可视化

  • 21 获得差异表达基因 bed 文件

  • 22 对多个基因集进行富集分析

如果你确实是第一次接触我们生信技能树,那么首先恭喜你,你找到家了,先看看我们以前的成果:

  • 生信技能树的2019年终总结

  • 2020学习主旋律,B站74小时免费教学视频为你领路

根据我与几千名粉丝的沟通得出了一个结论,资料其实并不缺,大家缺的是第一步,是互动是耐心帮你解决最开始的拦路虎这样的服务,所以我们才有线下培训,亲自帮你解决电脑面前的报错,让你的入门不再忐忑。预祝2020年的你,在我们友好的教学团队带领下入门后,生信技能树历史教程合辑会成为你真正的宝藏!

7.2 还有惊喜福利

   

数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)

我们每个讲师都会给大家准备几个独家技能小福利

  • 搜索技巧、学习方法、效率工具;

  • 文献查找、翻译、下载、管理工具;

  • PPT 技巧、云同步工具、资料推荐。

  • 你要的单细胞数据挖掘视频课程来啦(仅需?8元) (这个也是给数据挖掘学员的赠品)

8.往期学员评价

其实我们没有专门收集学员的评价,下面这些都是自发的:

8.1 来自北大硕士的两千字日记式学习记录

   

听课时,她每天都会做一些记录,连续三个周累计写了两千六百多字。发给我们,可以想象看到时非常感动和欣慰,并将它发布在了公众号:

数据挖掘第一期学习反馈(点击即可查看)

这篇发出之后,评论区也有参加过课程的学员过来留言、点赞,给后面的小伙伴们提建议~

8.2 来自中科大少年班小妹妹的海报

   

这位中科大少年班的小妹妹,97年的,已经开始读博,对此老腊肉们都非常羡慕。她自称“六年非专业平面设计师”,上完课后开心地送给我们一张海报:

数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)

8.3 生信技能树的分享精神可以传递下去

   

跟着生信技能树的线上课程学习了三周了,课程早几天就结束了,但是我刚刚补完全部的课程,后面几节课可能还要回放再学习一下。

从一无所知的小白,成长到了解一点点R语言一点点生信分析的知识,很感谢生信技能树团队的付出。这套课程是良心课,原本两天的线下集训课程,拉长至三周的线上直播课,这样有更多的时间消化知识,处理bug,而且还支持回放,还可以选择倍数,这让每天晚上需要带娃的二胎妈倍感喜悦(手动开心)。

听完课程,知识的收获是一方面,但是更多的是一种文化的传递。我很欣赏生信技能树的分享精神,无论是健明老师的一万多篇博客,还是小洁老师18万字的简书,都是在分享在传递。

我也要继续把这种精神传承下去,我早就建立了onenote笔记、印象笔记,但是只有自己看,现在立个flag,整理笔记并分享,希望同仁们共勉,共同学习进步!


8.4群里、评论区、朋友圈里的几张截图

   

数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)
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我们的教学团队亲和、专业,授人以渔,助你get生信

9.报名与注册

   

注册费 2399 元,可开发票。如果仅仅是参加网课,那么缴费2399即可。

如果同时要参加疫情过后的线下的面对面学习班,可以预缴500元场地费或者到时候真的想参加了再缴费,我们会提前一个月发布线下面对面开课通知(取决于疫情进展情况)的(线下课目前仅限广州地区哦)!(注:线下面对面学习班不是必须参加的哈,我们线上三周课程设置已经足够优秀。)

添加小助手微信即可咨询报名。⏬

数据挖掘(GEO,TCGA,单细胞)第10期(今年最后一期)

最后一个小惊喜,不仅仅是学到数据挖掘, 参加培训相当于进入生信技能树小圈子,解锁更多学习资料以及学习方法!

(PS: 如果联系小助手回复不及时,也不要急躁哦,课程咨询人数太多,不定期处理的压力也不小,你可以在此推文留言我们先简单交流一下哈!)

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