新型冠状病毒分型学习笔记(1) GISAID分型

GISAID全称全球共享禽流感数据倡议数据库,该数据库中目前已涵盖了超过26万株的新型冠状病毒基因组数据,数据量仍在持续快速上涨中该数据库中不仅有各地提交的新冠病毒基因组序列,且其中涵盖了病毒株名、编号、采样时间、采样来源(地域、宿主等)和提交机构、相关文献等等相关信息,可谓是内容非常的丰富。
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基于该数据库中的基因组序列,GISAID目前将新型冠状病毒分为了8个型,分别为S、L、V、G、GH、GR、GV和O型别。

新型冠状病毒分型学习笔记(1)  GISAID分型

1、L型

L型特点为在241位点为C、3037位点为C、23403位点为A、8782位点为C、11083位点为G、25563位点为G、26144位点为G、28144位点为T、28882位点为G。目前GISAID指定的参考基因组WIV04毒株即为L型毒株。

2、S型

S型与L型基因组相比具有2个位点的SNP变化,分别为C8782T、T28144C。

3、V型

V型相较于L型,于两个位点发生突变,分别为G11083T、G26144T。

4、G型、GH型、GR型、GV型

G型与L型相比,具有以下3个位点的突变特征,分别为C241T、C3037T、A23403G,其中23403位点发生的点突变,也就是非常著名的D614G突变。

在G型毒株的基础上,进一步发生G25563T突变的毒株被归为了GH型;

发生G28882A突变的毒株被归为了GR型;

发生C22227T突变的毒株被归为了GV型。

PS:这几个型别也是目前数据库中数量最多的呢~

除以上型别外,不能被归为S、L、V、G、GH、GV和GR型的毒株被统称为O型。

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