一篇3分+文章教你如何实现生信数据与实验的完美结合,实现发文章的愿望

一篇3分+文章教你如何实现生信数据与实验的完美结合,实现发文章的愿望
想必不少人手中都会有生信挖掘数据或测序数据,但是最头疼的是不知如何充分利用。今天丫丫通过一篇3分+文章的讲解告诉大家如何充分利用自己手里的生信数据,实现发文章的愿望,完成学业和升职的梦想! 

一篇3分+文章教你如何实现生信数据与实验的完美结合,实现发文章的愿望

1. 前言 
大量研究表明,细胞周期蛋白表达异常可促进肿瘤的发展,因此,为了寻找异常表达的细胞周期蛋白,作者首先通过生信数据挖掘(GEO和TCGA数据库)的方式寻找在肺腺癌中异常表达的细胞周期相关的基因;其次为了了解细胞周期蛋白的上下游调控的机制问题,作者因此通过数据库预测其相互作用的miRNA,从而寻找相关的关系对;最后,为了揭示靶基因的功能,作者通过检测该基因的mRNA及蛋白表达水平,荧光素酶报告基因验证miRNA-mRNA关系对,并通过敲除/过表达基因后,检测细胞增殖、周期、侵袭及转移的变化情况。
结果发现,miR-335-5P可以通过靶向下调CCNB2,从而抑制肺腺癌的发生发展,并将结果于2020年6月30号发表在Onco Targets online 上,即时影响因子为(IF=3.337)。现在了解了文章的思路,接着来看看文章的思路是如何展开的:
2. 研究结果
(1)CCNB2在肺腺癌中高表达且与预后差相关
作者经过生信数据挖掘发现,CCNB2在肺腺癌组织中异常高表达,经过Qrt-PCR\Western blot验证发现,CCNB2在肺腺癌细胞系中也异常高表达。因此,为了进一步确认该基因与肺腺癌的进展和预后是否相关,作者通过TCGA数据库中的肺腺癌表达谱和临床数据,分析该基因与临床分期、TNM及预后的关系,结果发现,该基因在TNM期中均异常表达,且CCNB2的表达随着 tumor stage 的增加而增加。由此证明,该基因可能与肺腺癌的进展和预后差相关。 

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(2) 下调CCNB2表达抑制肺腺癌细胞的增殖、侵袭转移及细胞周期
经过生信的分析,初步确定研究的目标基因及初步了解该基因在肺腺癌中的作用。因此,生信挖掘是寻找研究方向及目标分子的重要手段。
接着,为了真正了解该基因的功能,那就必须通过实验手段揭示其中的奥妙。作者通过在肺腺癌细胞系中敲除CCNB2,并通过 MTT、colony formation 、FCM、Transwell 方法检测细胞活力、增殖、细胞周期和侵袭的过程,结果发现,与对照组相比,抑制CCNB2的表达抑制了肺腺癌细胞的增殖,侵袭和转移。 

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(3)miR-335-5P-CCNB2关系对的预测及验证
确定了靶基因的功能,要想了解靶基因是通过怎样的机制进行调控的,作者因此就想到了CCNB2上游的miRNA,因此通过TCGA数据库中筛选在肺腺癌中异常表达的miRNA,并通过mirDIP和starBase两数据库预测差异表达的miRNA-mRNA关系对,最终预测到了miR-335-5p与CCNB2相互作用。经过生存预后分析发现,miR-335-5P的异常表达与预后显著相关,且高表达组的预后越好。其次,为了验证miRNA-CCNB2的相互作用关系,作者通过荧光素酶报告基因验证,发现miR-335-5P与CCNB2的3‘UTR区相互结合,这一结果证实了以上的预测结果。最后,作者通过实验和相关性分析发现:miR-335-5p表达与CCNB2成负相关。

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(4)过表达miR-335-5p抑制CCNB2的表达从而抑制肺腺癌细胞的增殖、侵袭和转移
基于前面确定了miR-335-5P与CCNB2的相互作用关系且前面已知靶基因CCNB2的功能。因此作者猜想,是否通过改变miR-335-5P的表达水平,也会影响肿瘤的发展。作者通过过表达miRNA,并做相关的细胞实验,结果发现,过表达miR-335-5P可以通过靶向下调CCNB2,从而抑制肺腺癌的增殖、侵袭和转移。

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3. 总结
文章到此完美收官,是不是看起来很简单,思路清晰,条理清楚、结果显著,方法简单,所需经费少,为了毕业,为了升职,经费不充裕的小伙伴们可以借鉴。
注:未经许可禁止转载!
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