生信分析必备——外泌体数据库大合集

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生信分析必备——外泌体数据库大合集
外泌体是一种膜状囊泡,被细胞释放到细胞外微环境中,参与细胞间通讯。根据它们的大小和发生分为三类,包括外泌体、微泡凋亡小体。外泌体包含RNA,蛋白质和脂质,来源于不同的组织的外泌体不仅具有其特异性蛋白分子,而且还包含其行使功能的关键分子。因此在近阶段人类疾病研究中,外泌体研究已经成为突破传统疾病机制研究的又一重大领域。

在火热的生物信息分析领域,外泌体数据研究也成为热点之一,相比于病理组织测序进行生信分析,外泌体生信分析具有更高的创新型,研究结果也可能会在临床实验上更加受益。今天为大家分享六个分析外泌体的在线数据库,助你在外泌体领域进行生信分析游刃有余。

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ExoCarta数据库

网址:http://www.exocarta.org/

 

ExoCarta是一种专门研究外泌体蛋白质的在线网页。当前版本的ExoCarta包含来自超过286个外泌体研究的41860个蛋白质,超过7540个RNA和1116个脂质分子,并包含有ISEV定义细胞外囊泡最低实验要求的数据。此外,ExoCarta具有动态的蛋白质-蛋白质相互作用网络和外泌体蛋白质的生物学途径研究板块。可以根据研究数量下载最常用的外泌体蛋白。下载的文件可以进一步直接导入FunRich(http://www.funrich.org)工具中,以进行其他功能丰富和交互网络分析。

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数据库功能:

1.ExoCarta可作为候选外泌体标记和突变致癌蛋白的储存库

2.可以构建外泌体蛋白质的动态蛋白质-蛋白质相互作用网络

3.可进行外泌体蛋白的基因本体论和生物学途径分析

4.可免费下载外泌体蛋白数据和注释信息

 

在ExoCarta下载的外泌体数据可在首页直接点击图标进入FunRich网页进行分析。FunRich是一个独立的软件工具,主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析。此外,分析结果可以以维恩图,条形图,柱形图,饼图和甜甜圈图的形式用图形表示。

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exoRBase数据库

网址:http://www.exorbase.org/

 

exoRBase是从人类血液外泌体的RNA-seq数据分析提取的环状RNA(circRNA),长非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)的存储库,也包括来自公开文献的实验验证数据。exoRBase基于归一化的RNA-seq数据(涵盖正常人和患有不同疾病的患者)基于RNA表达谱进行整合和可视化。该网站旨在收集和表征人血外泌体中的所有长RNA种类并提供注,exoRBase可以帮助研究人员识别血液外泌体中的分子标记,帮助探索发现新的循环生物标志物并对人类疾病和功能提供新的研究思路。

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所有收集的数据集均通过一致的生物信息学渠道进行处理。首先通过使用Trimmomatic去除衔接子和低质量碱基来修剪原始测序读数。然后,将修剪的读段通过HISAT2定位到人参考基因组(GRCh38)。采用featureCounts来量化与蛋白质编码(mRNA)或长非编码RNA(lncRNA)区域对齐的读段数。将每个基因的读数计数标准化为TPM值(每百万转录本)。从GENCODE v25中检索了蛋白质编码RNA和长非编码RNA的注释。以下是exoRBase的数据处理和总体设计流程图。

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EVmiRNA数据库

网址:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA

 

活细胞释放的细胞外囊泡(EVs)包括外泌体和微囊泡(MVs),它们包含来自亲代细胞的各种分子,是疾病诊断和治疗生物标志物的潜在来源。miRNA由于其重要的功能和生物标志物特性,是ev中研究最深入的分子类型。因此,细胞外囊泡miRNA数据库(EVmiRNA)主要收集ev中全面的miRNA表达谱。在EVmiRNA数据库中,分析了来自17种组织/疾病的462evsmRNA测序数据集。miRNA表达谱、miRNA调控途径、miRNA功能、miRNA相关药物和相关文献支持miRNA生物标志物。

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在网站首页,我们可以直接在检索框中输入想要研究的RNA,,以hsa-miR-126-5p miRNA为例,我们可以看到miR-126-5p的详细信息,包括表达、通路、功能、靶向药物等。

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EV-TRACK数据库

 

网址:http://www.evtrack.org/

 

EV-TRACK网站记录了1742个外泌体实验数据,差速超离心法(dUC)获取外泌体是最常用的方法。实验处理的样本类型包括细胞培养上清等(n =813),218种独特的组合离心实验步骤。为了增加数据的真实性和可重复性,EV-TRACK网站集中了EV分离和表征的原始数据。目前EV-TRACK包含了1355份文献中2165份EV实验的实验参数。对于每个实验,网站都会进行解释和整理重现实验的一般和特定方法信息并进行评估。

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EV-METRIC目前由这9个实验参数组成:富含EV的蛋白质、不含EV的蛋白质、抗体、裂解液制备、定性和定量分析、电子显微镜图像、密度梯度、EV密度和超速离心。

 

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 Vesiclepedia数据库

网址:http://www.microvesicles.org

Vesiclepedia是整理了包含RNA,蛋白质,脂质和代谢物的网站,同时包含已发表和未发表的研究中的EV数据。目前,Vesiclepedia包含从1254项EV研究,3万多个蛋白质数据和639个脂质/代谢物数据。Vesiclepedia是完全免费的,允许用户根据不同的搜索条件来查询和下载EV数据,以帮助生物医学相关研究者评估EV制剂的质量和获得的相对应数据。此外,还集成了基于FunRich的Vesiclepedia插件,以帮助用户进行进一步的数据分析。

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Vesiclepedia不仅提供了与EV鉴定分子研究相关的实验描述和分子数据,而且支持鉴定Western blotting以及基于质谱仪的肽细节和串联质谱数据。此外,网站可以链接到EV-TRACK网站以提供EV关于其他评分的额外信息。Vesiclepedia的全部数据可以通过Vesiclepedia插件FunRich自动下载并进行分析。

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Urinary Exosome Protein 数据库

 

网址:https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/

尿外泌体蛋白数据库是由NHLBI上皮系统生物实验室(ESBL)公布的蛋白质谱数据。所有的数据都来自于从健康人类志愿者身上分离的尿液外泌体。外泌体的形成和排泄的第一步,顶端膜蛋白发生内吞作用。在第二步,核内体的目标是多泡体(MVB)。标记质膜蛋白进入MVB的信号是单泛素化。在第三步中,核内体与MVB融合。因此,顶端质膜蛋白被分离到MVB外膜中,并通过膜内凹内化。最后,MVB的外膜与顶端的原生质膜融合,在尿空间释放其内部的小泡,称为“外泌体”。外泌体包含膜蛋白和胞质蛋白。目前的数据库包含了使用两种不同的质谱分析仪对人尿外泌体进行的蛋白质鉴定。

 

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在这里我们可以得到外泌体相应蛋白质名称、基因名称、肽编号、参考序列、GO组件、GO过程、GO功能等。

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以上就是今天为大家介绍的六个外泌体数据库,这些数据库涵盖的范围广,除常规外泌体数据来源外,包含了集患者与正常人血液、尿液以及不同实验方法获得的外泌体详细数据,这些数据都是公开免费的,并且可以轻松进行在线分析,不用R语言与编程,几秒钟即可成图,这对于正在进行外泌体研究的生物信息分析的研究人员来说,的确是个事半功倍的好工具!

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