四千余字长文告诉你样本寄送有哪些要求 | 核酸提取专题

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01
常温样本运输

适用于新鲜组织、石蜡组织、Streck全血、PAXgene全血、Streck管浆膜腔积液、口腔拭子、唾液等。

以Streck全血为例

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图1 Streck全血样本包装及运输规范

  1. 将样本放入自封袋封好;

  2. 用气泡垫缠绕样本至少三圈,用橡皮筋固定;

  3. 选择壁厚度不低于4cm的泡沫盒,底部铺上一层气泡垫;

  4. 将样本放入盒中;

  5. 用气泡垫填充其余空间,并放入样本提交单;

  6. 盖上泡沫盖,用胶带封口,填写快递单,寄送,及时跟踪快递信息。

Streck全血运输注意:

  1. 72小时内送达;

  2. 若室外温度在4-26℃范围内,可常温运输;若室外温度超过26℃,根据样本数量选择合适大小的泡沫盒,其内放入足量低温冰袋(至少4个/次);若室外温度低于4℃,放入常温冰袋(至少4个/次);

  3. 采血管需分别装入自封袋封好,每支采血管用气泡垫至少缠绕三圈,并用橡皮筋固定;多个采血管同时寄送时,需要分别单个裹紧;

  4. 严禁多个采血管放在一起包裹寄送,以防因挤压而损坏。

02
低温样本运输

适用于冰冻组织样本、石蜡卷/切片、细胞系、骨髓、EDTA抗凝全血、浆膜腔积液沉淀、富集的菌体沉淀、DNA样本。

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(1)干冰寄送

将收集好的样本置于相应的收集管中,为防止样本混淆,管盖和管壁均要书写编号,并用封口膜封口;

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图2 离心管包装规范

①将样本放入自封袋中,在样本提交单上填好样本详细信息(编号等信息必须严格与样本管上一致),将填好的样本单和样本一起放入装有冰袋(最好有少量干冰)的合适泡沫箱中;

选用大小合适、厚度不低于4cm,完整未破损的泡沫盒,寄送1-2天选用中号泡沫箱(长*宽*高=40*30*35cm);3天以上选用大号泡沫箱(长*宽*高=45*40*35cm),并在泡沫箱外纵横方向都缠上透明胶,防止泡沫箱在运输过程中的开裂。

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图3 干冰运输包装规范

  1. 泡沫箱底部铺上足够冰袋

  2. 泡沫盒套一个塑料袋,底部先放入一部分柱状干冰

  3. 放入样本及样本提交单(提交单单独装入自封袋中)

  4. 再倒入一部分干冰,将样本埋入其中,并扎好塑料袋口

  5. 上部盖上气泡垫填充空余部分,减少干冰的挥发

  6. 盖上泡沫盖,胶带封口,密封后胶带上扎出几个小孔透气,填写快递单寄送,及时跟踪快递信息

寄送区域

快递时间

干冰选择

江浙沪地区

<2天

>10公斤的小圆柱体干冰

其他地区

2~4天

>15公斤的小圆柱体干冰

其他偏远地区

>4天

>20公斤的小圆柱体干冰

 表1 干冰重量要求

(2)液氮运输

① 液氮运输必须在人员监护下进行。不建议长途运输,短途可采用保温杯。应保证液氮足够,以免运输过程中液氮挥发,影响材料质量。

② 液氮为危险品,受到交通部门的管制。飞机运输应用空运型液氮罐,可以作为行李托运,不能随身携带。火车运输可用普通液氮罐,可随车托运,不能随身携带。托运时应有固定基座,以免倾倒,使液氮泄露。

③ 托运前应到学校保卫科或校办开具《非危险品证明》(非易燃易爆,无毒无害,无腐蚀),并加盖公章。

④ 液氮罐口较为狭小,所以放入的物品不易过大,且需要以线绳拴住,否则无法取出,同时要考虑放入物品漂浮在液氮中姿态的变化,如细长型物体竖直放入后,在液氮中漂浮时变为横向,则无法顺利取出。建议将样本放入编过号的冻存管中,再根据不同类别放入合适的小布袋,用线绳栓住,线绳另一端用布条做标记,拴在罐口提手上,以方便取出和分辨。⑤ 冻存管应使用高质量的冻存管,放入液氮前应拧紧,以免取出时发生炸裂伤人。

(3)冰袋运输

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图4 冰袋运输包装规范

  1. 将样本放入自封袋封好,袋子质量好不易破损(冻存管选用正规厂家)

  2. 选择厚度不低于4cm的泡沫盒,底部先放入一部分冰袋

  3. 放入样本及样本提交单(提交单单独装入一个自封袋中)

  4. 根据环境温度及预估的运输时间,再放入适量冰袋,确保冰袋足量,到达实验室前没有完全融化

  5. 上部盖上气泡垫填充空余部分,延长冰袋保温时间

  6. 盖上泡沫盖,用胶带封口,填写快递单,寄送,及时跟踪快递信息

注意事项:

①飞机运输干冰上限约为2公斤,超过2公斤原则上不能运输。陆上运输不受限制。

②干冰运输应采用壁厚且质量完好的泡沫箱,样本用编号后的冻存管存放,用塑料袋包装后埋入干冰中,泡沫箱应扣严并用封箱带封严。外套纸壳箱包装,以免碰裂。并标明轻取轻放提示,以保证安全运输。

③干冰运输可委托当地快递公司(建议使用顺丰快递),尽量确保48小时内送达公司,不能送货上门的应提前通知公司相应人员。

④24小时到达的,干冰总量不得低于5公斤;48小时到达的,干冰总量不得低于8公斤。夏季可以适当再多增加部分干冰(平时的1.5倍)。不要使用大块状干冰或完全呈粉末状的干冰,而应使用小的圆柱体干冰,否则运输过程中自重比较大的块状干冰可能会在箱内挤压样本盒,移动中可能造成样本盒破裂。如果只有大块状干冰可以使用,那么装箱时先砸碎成小块。

⑤包装时建议用大塑料袋包裹干冰并在箱中放冰袋,可有效减缓干冰挥发速度。选择合适大小,且箱壁较厚的泡沫箱,并在泡沫箱外纵横方向都缠上透明胶,最好是将泡沫箱外壁用胶带覆盖一遍,或用蛇皮袋包裹泡沫箱,防止运输途中因挤压和抛掷而破裂。泡沫箱全部缠上胶带后,为防止密封过紧,气密性过强,干冰挥发产生过大压力而造成泡沫箱爆裂,用美工刀或其他薄刃刀具,将缠在泡沫盒盖和箱体接合处的胶带刺破一个1-2厘米的小缝隙,以在气压过高时排出气体。

⑥如委托快递运输,运输过程中应随时跟踪货物的情况,记录运单号,并保持与发出地和接收地的快递公司的联系。如样本只做DNA实验且环境温度不高,同时运输时间可保证在48小时内到达,可以用大量-80℃冻存2小时以上的冰袋进行运输,保证样本运输过程中不解冻即可。

03
10X单细胞样本寄送

(1)填写《10X单细胞转录组测序预约单》,发邮件并打印纸质版;

(2) 组织保存液2-8℃预冷;

(3) 组织保存液冻存管管壁应使用油性记号笔填写样本编号、日期,图A;

(4)  置入样本(组织应完全浸没于组织保存液),封口膜封闭管口,装入自封袋中,图B;

(5)保温缓冲包裹,可采用气泡膜,纱布,药棉等,防止样本直接接触冰袋而引发冻结,若温度过低造成冻结,则细胞易大量死亡 图C;

(6)选择厚度大于3cm的泡沫盒,底部先放入一部分冰袋,图D;

(7)放入样本同时附《10X单细胞转录组测序样本提交单》,图E;

(8)根据寄送距离与时间,选择合适大小的泡沫盒并放置不少于4个冰袋,密封运输;

注:需提前准备好冰袋,冰袋从-80℃,-20℃冰箱拿出后不可直接使用,且避免冰袋直接接触样本管,否则会由于温度过低导致组织块结冰,引发组织损伤及细胞凋亡。

(9)盖上保温膜、棉絮(冬天可选,防止温度过低),图1-F;

(10)选择尽可能快的运输方式,样本寄送以后,告知公司实验室精确的到样时间及快递信息,以便实验室提前准备组织解离。

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图5 10x组织样本包装运输规范

风险提示:

以下任何一种情况出现,样本将判定为不合格,相关影响及风险说明如下:

(1)组织样本未在2~8℃储存及运输,或在合格条件下保存时间过长;不合格的样本储存与运输条件将影响细胞活率,可能导致细胞基因表达特征变化,数据失真。

(2)样本组织块中含有夹带损伤坏死样本;因样本处理不当引入的热损伤或化学损伤样本,部分组织存在坏死变性会影响组织解离效果与细胞活率,导致数据失真。

(3)细胞直径过小(<7μm)细胞直径过小将会导致细胞计数仪(CountessTM II Automated Cell Counter ,检测范围7~60μm)计数不准,影响最终获得的有效细胞数。特殊样本需要客户自行准备能准确计数、检测活率及区分红细胞的仪器。

(4)细胞直径过大(>30μm)细胞直径过大,可能引起微流控通道堵塞,导致标记失败。

(5)经去死细胞处理后,细胞活率低于85%。细胞活率过低可能影响最终的有效细胞数:因为死亡细胞或濒死细胞状态下,游离的mRNA附着细胞碎片等杂质,以及线粒体破裂引入的线粒体基因等,导致背景噪音比例升高,有效数据降低。细胞活率过低也可能表明mRNA降解,mRNA降解会导致cDNA捕获少,基因检出少,并且死亡细胞释放的游离mRNA附着在细胞碎片上,导致无法识别正常细胞与细胞碎片,影响有效细胞筛检。

(6)经细胞筛过滤,细胞悬液中仍然有明显的细胞结团、碎片或杂质(≥10%)。细胞结团、碎片或杂质的存在,可能堵塞微流控通道,导致获取的有效细胞数偏离预期。细胞悬液中游离mRNA可能附着在细胞碎片和杂质中,导致有效细胞数降低。

(7)经必要过滤、去死细胞和去碎片处理后,细胞悬液浓度低于所需浓度。导致获取的有效细胞数可能低于预期。

(8)制备单细胞悬液的溶液含有Ca2+Mg2+和其他反转录抑制剂。Ca2+Mg2+或其它抑制剂会影响反转录过程,导致标记失败。

上述因组织或单细胞悬液不合格而可能导致测序数据不符合预期或项目失败的风险,需客户提前知情,在项目进行过程中,发现(不限于)上述不合格情况时,技术员会第一时间与客户取得联系并充分说明现象和相关风险,经确认后继续完成实验。

样本寄送

请将样本提交单打印纸质版,随样本包裹一起寄送。《10X单细胞转录组测序预约单》电子文件发送至邮箱sample_submission@lc-bio.com,并抄送至lcblab@lc-bio.com。

04
注意事项

(1)客户如果提供冻存可复苏的细胞株,应首先验证所用冻存方法用于核酸提取的可靠性,并且在送样时提供详尽的复苏方法,以便确保实验成功。

(2)所有样本均应标明准确的样本编号,同时配有一张样本登记表,写明样本名称、物种、编号、取样日期、样本处理情况等。

(3)提取核酸的质与量:a. 处于不同发育阶段以及不同生长条件的样本中所含有的DNA、RNA以及蛋白的量是不同的,在某些实验条件下或某些病变部位获得的样本中核酸的量可能与常规相应样本有显著的差异;b. 储存条件以及储存时间也是影响核酸的质与量的关键因素。一般来说从新鲜的样本中总是能够得到预期的核酸量,而没有保存在液氮或-80℃冰箱中的样本是不可靠的,因此,强烈建议尽可能低温保存及寄送。

(4)关于备份,为确保实验的顺利,我们强烈建议您在取样时,应同时备份2-3份,如备份3份,则送给我们两份,如果备份2份,则送样一份,您自己留一份,以防备部分样本降解,重新取材或送样耽误您的时间。即使样本全部合格,备份的样本您还可以用来进行其他方面的实验(如定量验证,蛋白方面,生化方面的实验等)。备份又分为两种,一种为严格备份,即样本取下后一分为二,这样的两份样本基本上具备同性质。另一种为非严格备份,即生物学重复的样本,这样的备份样本同质性要较前者差。

(5)常规电泳DNA上样量为50-100ng,若上样体积较小建议用ddH2O补至5μL。推荐使用Marker为 λDNA/HindIII(或其它有20Kb以上条带的DNA Ladder),琼脂糖凝胶浓度:0.8%~1%,电泳条件:电压3~4V/cm,时间40min。


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