lncRNA与蛋白结合预测数据库网站

写在前面

好不容易找到一条新颖的lncRNA,表达及功能做完了之后,还能做啥呢?可以找一下它的靶蛋白呀。实验方面,大家都知道可以进行lncRNA pull down-MS,但经费有限怎么办?这时候就需要数据库来预测了。

预测lncRNA结合蛋白的网站有很多,今天给大家介绍一个预测lncRNA结合蛋白的在线分析工具,功能强大,且简便易行。只需要输入序列,鼠标点点点就完事儿,是不是瞬间充满了动力。    

catRAPID 是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。

话不多说,上链接: http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group

 

该网站主要包含以下6个模块

下面主要就小编使用过的功能给大家简单介绍一下

1.     catRAPID omics

可用于预测与目的RNA结合的蛋白,或者与目的蛋白结合的RNA,点击该条目进入

lncRNA为例,输入fasta序列(可从NCBI下载)

根据选项,输入要研究的种属,其余根据自身需要自行选择

输入邮箱,点击下方提交,进行分析。分析完成后(约10min),邮件自动提供结果链接,点击进入即可查询,结果如下:

根据结果,可以看到与该lncRNA结合的蛋白,依据Ranking进行排序。我们就可以选择感兴趣的进行后续分析啦

2.    catRAPID express

可以预测已知RNA与蛋白的具体结合位点。具体用法同上,输入蛋白及RNA的fasta序列,提交即可。

结果如下:

以热图形式显示RNA与蛋白结合的具体位置。红色区域代表结合力较高

部分甚至还可显示具体结合区域

至于其他4个模块,原理基本一致,大家可以自行探索鸭

最近公众号改版,

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