生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得

前言

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NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 ChIP-seq基本分析流程、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集等内容

海哥,中国科学院遗传与发育生物学研究所,生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。

生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索

生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络

生信宝典之傻瓜式 (六) 查找转录因子的靶基因

这次海哥回北京,结合自己发表过的文章和其它经典文章以及自己多年做研究的经历,从中心法则出发,为大家从不同层面介绍组学分析的手段,并解释了不同方法都能解决什么具体的生物学问题

本视频内容全面,简单易懂,很适合想知道组学能做什么和生物数据分析没有思路的朋友,能为你在学习、科研项目以及分析实战的过程中提供很多的指导。

这次视频最开始是在4天你也可以自己处理二代三代转录组测序数据最后一天的答疑课上给出的,很受好评,现分享与此。点击阅读原文 (https://www.bilibili.com/video/av30428766)即可免费观看。

(海哥讲述诙谐,这次录制是其第二次讲。有点遗憾的是,海哥自认为没有第一次讲的好。)

下面是笔者自己观看完视频后的理解,苍白的文字代表不了视频,有狗尾续貂之嫌,还请见谅。

内容概览

形象地用盲人摸象阐述组学分析的优势

利用大数据关联鸟和花的分布与云图的关系,便于精准救治。

大数据告诉你为什么科比是NBA最伟大的球员之一?如何防守库里?

用传统实验得到的小数据去解释生物学问题,就如同盲人摸象般,尽管可以比较精确地描述某一问题,但是由于找不到全局的联系而无法全面地做出解释。随着新一代测序技术的发展,生物大数据分析越来越受到生物学家们的青睐,我们可以从各组学层面来了解某一生物样本在某个状态下的全貌。

1.    DNA level

DNA level包括序列突变、插入、删除、易位等,会影响到基因编码、转录因子motif结合,并举了“画蛇也可添足”的例子阐述蛇中增强子区域序列突变影响到ETS1结合,进而足发育退化的故事。

之前的推文从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)也介绍了一点增强子的知识和大牛的分析思路,可作为饭后阅读小故事。

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2.    Transcriptional regulatory level

基因表达调控受转录因子结合、组蛋白修饰、DNA甲基化等的影响,分析这些调控最常用的是ChIP-seq (详细分析流程,调整下也可适用于ATAC-seq),ATAC-seq和亚硫酸盐测序等。这在之前的培训中也有部分提及,可在腾讯课堂看对应视频https://bioinfo.ke.qq.com。

第二张图是常见的基因组浏览器的展示,可以查看某个区域多个维度的信息,具体使用见高通量数据分析必备|基因组浏览器使用介绍 - 3系列文章。

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3.    RNA level

RNA水平主要指RNA表达量变化、可变剪接形式变化、RNA修饰、编辑、非编码RNA调控等,这些部分的实战会在我们的易生信极高性价比暑期黑马集训中讲到。也可查看转录组分析的正确姿势,转录组分析工具哪家强?和120分的转录组试题(第三份答案)等。

RNA m6A是研究的比较火的修饰,我们也在王秀杰研究组合作发现m6A修饰在小脑发育中的新功能 (附2018上半年m6A研究文章和点评)中做过一点总结。

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4.    Translational level

翻译水平是从Ribosome结合的角度查看潜在的蛋白表达量。

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5.    Protein and metabolite level

蛋白质组水平和代谢组水平,配合之前蛋白质组学研究概述一起观看。

感谢海哥的分享!

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