本文带大家利用bioconda安装生物信息软件。虽然bioconda可以很方便安装生物软件。但是在使用过程中，还是会遇到一些问题，比如下载速度过慢，python版本不对，依赖环境冲突，软件名称有变化等问题。这里我们带大家安装80余款生物信息软件，全部代码已测试过，可以顺利运行，如果你的网速没问题。付费文章无法复制粘贴代码，请回复文章底部关键字，下载案例代码文件。
目前有Miniconda3和Miniconda2可选，分别对应python3和python2的版本。这两个python版本不兼容。具体选择哪个要看具体生物软件。其实如果软件不涉及到python，选择哪个影响不大。比如bwa，samtools这些，不受影响。如果选择Miniconda2，后续软件需要python3的版本，则需要创建一个python2的虚拟环境
#1 下载安装
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
#1 添加软件源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
添加国内软件源
利用vim创建一个.condra.qinghua文件，将下面内容粘贴进去，注意格式，作为备份。如果想切换清华镜像。则将该文件修改为.condarc即可，以下这个选做，看 具体网速。
vim ~/.condarc.qinghua
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
切换镜像
#首先备份配置
mv ~/.condarc ~/.condarc.defaults
mv ~/.condarc.qinghua ~/.condarc
Note:将默认镜像与国内镜像写入同一配置文件并不是好的办法，会搜索很长时间，现在默认镜像速度也还可以，推荐先用默认镜像。
配置python2.7环境
我们安装的是python 3.7的版本，有些软件需要python2.7的版本，创建一个python2.7环境备用
conda create -n py2.7 -y python=2.7
conda env list
安装基础软件
可以一个个安装，也可以放到一条命令中，注意放到一条命令中不能中间出错，比如将samtools，写成smatools，则会断开，后面的软件也无法安装了。
conda install -y bwa
conda install -y samtools
conda install -y bcftools
conda install -y blast
conda install -y blat
conda install -y mummer
conda install -y mafft
conda install -y muscle
conda install -y lastz
conda install -y sratools
conda install -y seqkit
conda install -y seqtk
conda install -y bedtools
conda install -y bedops
conda install -y gfatools
conda install -y circos
conda install -y entrez-direct
conda install -y emboss