利用bioconda部署80+生物信息软件

本文带大家利用bioconda安装生物信息软件。虽然bioconda可以很方便安装生物软件。但是在使用过程中,还是会遇到一些问题,比如下载速度过慢,python版本不对,依赖环境冲突,软件名称有变化等问题。这里我们带大家安装80余款生物信息软件,全部代码已测试过,可以顺利运行,如果你的网速没问题。付费文章无法复制粘贴代码,请回复文章底部关键字,下载案例代码文件。

安装bioconda
目前有Miniconda3和Miniconda2可选,分别对应python3和python2的版本。这两个python版本不兼容。具体选择哪个要看具体生物软件。其实如果软件不涉及到python,选择哪个影响不大。比如bwa,samtools这些,不受影响。如果选择Miniconda2,后续软件需要python3的版本,则需要创建一个python2的虚拟环境
#1 下载安装
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  
source ~/.bashrc

#1 添加软件源
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels conda-forge

添加国内软件源
利用vim创建一个.condra.qinghua文件,将下面内容粘贴进去,注意格式,作为备份。如果想切换清华镜像。则将该文件修改为.condarc即可,以下这个选做,看 具体网速。

vim ~/.condarc.qinghua
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

切换镜像

#首先备份配置
mv ~/.condarc ~/.condarc.defaults
mv ~/.condarc.qinghua ~/.condarc

Note:将默认镜像与国内镜像写入同一配置文件并不是好的办法,会搜索很长时间,现在默认镜像速度也还可以,推荐先用默认镜像。
配置python2.7环境
我们安装的是python 3.7的版本,有些软件需要python2.7的版本,创建一个python2.7环境备用

conda create -n py2.7  -y python=2.7
conda env list

安装基础软件
可以一个个安装,也可以放到一条命令中,注意放到一条命令中不能中间出错,比如将samtools,写成smatools,则会断开,后面的软件也无法安装了。

conda install -y bwa 
conda install -y samtools
conda install -y bcftools
conda install -y blast 
conda install -y blat 
conda install -y mummer 
conda install -y mafft 
conda install -y muscle 
conda install -y lastz
conda install -y sratools
conda install -y seqkit
conda install -y seqtk
conda install -y bedtools
conda install -y bedops
conda install -y gfatools
conda install -y circos
conda install -y entrez-direct
conda install -y emboss

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