生信“0代码”分析时代来临


先前和大家介绍的开创生信“0代码”分析的临床生信之家,绝对是改变了生信学习的模式,它真真正正的让想学习生信,利用生信科研的科研者能够不要面对痛苦的代码,而通过可视化的鼠标点击即可完成,而可以同样获得一样的原始数据。然而之前临床生信之家的数据来源主要是来自TCGA数据库,虽然这是目前最大最全的肿瘤数据库,但只有33种肿瘤,而非肿瘤的同学可能就只能“望洋兴叹”了。

临床生信之家官网首页


好消息是,近日,登陆临床生信之家官网首页,发现右上角出现了一个投票的按钮,好奇点开一看,开心极了,因为,包括本人在内的很多人都翘首以盼的 非肿瘤数据 终于要启动录入了。


大家知道,虽然之前网站功能强大,从样本分组,筛选,出图,高清图下载,原始数据下载,再到论文写作一应俱全,但病种主要还是TCGA数据库的33种肿瘤,对肿瘤研究的小伙伴是够用了,但对于我们这种非肿瘤的来说,就有种“神器在眼前,但和我没关系”的无奈。

从介绍看,平台暂时只打算录入5个非肿瘤病种,确实,GEO数据库更新快,数据量极大,必然要选择主要病种录入。而从当前排行来说,本人期望的心血管123票,排名第一,挺稳的

胰腺炎,阿尔兹海默症,糖尿病,高血压紧随其后,支气管炎、胃溃疡、肠炎 、耳聋、肠预激综合征进入了10强。


不过截止日期要到1月25日希望心血管能持续第一


大家赶紧投票吧,地址:临床生信之家 www.aclbi.com


作为生命领域科研者,如果你到现在还不知道生物信息学,那真的太out了,生信有多火?拿最有名的数据库TCGA(Cancer Genome Atlas)来说,目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量。

在pubmed中随便搜一个TCGA,就可以发现近年来相关文献发表量在成指数级增长。

这其中,一部分是利用TCGA数据库发表的纯生信文章,比如2018年4月发表在Cell上的一篇Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations”。

Cell, 2018

也有很多利用TCGA数据库的图片给文章增色的,比如2019年3月4,耶鲁大学陈列平教授团队在Nature Medicine上发表题为Siglec-15 as an immune suppressor and potential target for normalization cancer immunotherapy 的文章,里面就利用TCGA数据库分析了Siglec-15 和T cell signature genes (CD3E, IFNG, GZMA and GZMB) 在膀胱癌中的关系。

Nature Medicine, 2019

而这些都不需要额外的湿实验,大大提高了临床医生的科研效率。这也是生信之所以火的原因了。

但你可能要问,如果不会R语言,不会代码,怎么利用生信来提高科研效率呢?

或许参加过好几千一次的培训班,但结果就是,课堂上什么都会,一回去自己弄马上就被各种报错打败,自学视频,同样是困难重重。

科研界一直需要一个功能强大,不需要代码,可视化分析工具,现在它终于来了:临床生信之家 www.aclbi.com

平台是由几个临床医生联合生信大拿一起搭建,界面极其简介,左侧栏是TCGA上所有33种肿瘤类型,之后第二期会纳入非肿瘤的疾病。顶部是各种分析模块。首页特别注明了,所有数据均由R v4.0.3分析完成, 意思就是说在平台上分析的结果和拿R语言敲代码分析的结果是完全一样的,这就太爽了。

别看界面简单,该平台功能极其强大,比如想分析下“某个基因在肺腺癌里EGFR突变和野生型病人中表达水平和预后差异”就轻而易举。

平台有极其强大的样本筛选功能,可以对样本进行除了临床信息,治疗信息的进一步筛选外,比如可以根据某一个基因是否突变筛选,某一个基因的表达量水平进行筛选,比如近年来火热的肺腺癌EGFR野生型伴PDL-1低表达相关研究,就完全没问题了。这也是目前已知所有第三方网站无法实现的。

样本筛选表

样本筛选好后,就可以选择需要的功能模块进一步分析啦。

单样本分析,顾名思义就是针对某一个样本的分析,里面的工具目前包括了临床信息比较,批量生存分析,基因与生存,基因与TMB/MSI,桑基图,两基因相关性。

而多样本分析,就是针对某几个样本之间差异的比较,目前包括以下工具:

多组生存,基因表达比较,miRNA比较,突变比较,免疫评分,免疫检查点,甚至铁死亡,m6A

在复杂分析里,集成了以下耳熟能详的分析模块,比如亚组分型,基因突变景观,差异基因分析,预后模型(列线图),预后模型(Signature)泛癌分析。

然后,在思维导图和视频教程里,180师兄和911师兄讲解了如何使用“十字研究法”,交叉运用单样本和多样本工具,让课题设计思如泉涌。

这些分析如果让公司去做,估计要几百上千甚至上万了,而这个平台鼠标点击几下,就可以生成所有的高清矢量图,更重要的是还有对应的原始数据下载,这个相当重要。

不仅如此,平台还针对每一个分析结果,给出了对应图例,方法学,结果的中英文对照,和参考文献,这个对我们写文章也很重要。

从课题设计,工具使用,再到零代码,一键分析,原始数据下载,再到论文写作,不得不说,这个由一群医生创建的生信平台,实在是太懂科研者了。

有木有一种相见恨晚的赶脚呢?

临床生信之家 www.aclbi.com

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