推荐非肿瘤疾病单细胞数据库

平时使用的TIMER、GEPIA和TISIDB等数据库,主要针对实体瘤,对于非肿瘤疾病提供的信息不多,生信分析非常局限。那么有没有专门做非肿瘤疾病的数据库呢?答案是有!而且是单细胞测序的结果。

推荐非肿瘤疾病单细胞数据库

先说RNA-seq,其实就是对某一块组织所有的RNA进行检测,由于一块组织里面有多种细胞,如免疫细胞,间质细胞,当然也包括肿瘤细胞。在进行RNA-seq时,测序获得的结果,并不是肿瘤细胞基因表达的情况。而单细胞测序技术,顾名思义,就是对每一个细胞来进行测序。如果做单细胞测序的话,那就会检测每个细胞当中基因的表达情况了,这样分析的结果就更加精确了。

对于单细胞测序而言,目前已经有很多文章做了相关检测,数据已经公开,也就有很多和单细胞相关的数据库了。今天就给大家介绍一个和疾病相关的单细胞测序数据库sc2disease


http://easybioai.com/sc2disease/home


相较于其他单细胞测序的很多分析,这个数据库主要用来分析疾病当中异常细胞和正常细胞的差异基因,属于差异分析模块。疾病类型包括肿瘤和非肿瘤,如动脉粥样硬化,糖尿病,阿尔兹海默症等常见疾病。

推荐非肿瘤疾病单细胞数据库

该数据库的主要功能包括浏览感兴趣的基因的表达;搜索细胞类型标记;寻找多种疾病的生物标志物;比较处于疾病和非疾病状态的各种类型细胞的表达谱。


数据库就是收集目前已经发表的单细胞测序数据,利用相同的流程来分析疾病细胞和正常细胞有没有区别。

推荐非肿瘤疾病单细胞数据库

目前这个数据库目前还没有做到分析所有疾病或者组织的细胞。目前这个数据库纳入的疾病只有这些(保留链接,点击直接进入疾病页面,数据可以下载后自行分析):

  • 乳腺癌

  • 黑色素瘤

  • 2型糖尿病

  • 少突胶质细胞瘤

  • 慢性粒细胞白血病

  • 肝癌

  • 肺癌

  • H3K27M胶质瘤

  • 巴雷特食管

  • 老年痴呆症

  • 类风湿关节炎

  • 自闭症谱系障碍

  • 狼疮性肾炎

  • 胰腺导管腺癌

  • 多发性硬化症

  • 髓母细胞瘤

  • 星形细胞瘤

  • 亨廷顿病

  • 雷特综合征

  • 年龄相关性黄斑变性

  • 动脉粥样硬化

  • 疱疹病毒感染

生物医学科研方法

论文分享59.Frontier期刊的生信分析,质量是有保证的

2021-1-16 18:24:54

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2021-1-16 18:25:55