GraphPad做主成分分析

本期我们简单讲解一下如何用graphpad做主成分分析。

 

1. 打开graphpad软件,如下图所示,依次选择Multiple variables, 因为我们这里选择的示例数据(Start with sample data to follow a tutorial),所以继续选择Principal Component Analysis (text variables);如果分析自己的数据,那我们就直接选择Enter or import data into a new table。点击Create

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2. 按如下格式输入数据。

 

简单解释一下示例数据,每一行代表一个不同的个体列代表一个不同的变量。第一列是ID Number,第二列是诊断结果(恶性或良性),接下来几列是测得的细胞的各种特征值(例如半径、周长、面积等)。

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3. 依次点击Analyze, 选择Multiple variable analyses选项下的Principle Component Analysis,点击OK

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4. 进入参数选择界面。在Output对话框里,选中Symbol fill color后选择Diagnosis(就是分类变量的名称)

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进入Graphs对话框,可以选择不同的图形输出。

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其余参数可根据实际情况做相应的选择。比如,想在主成分得分图中每个点旁边标记ID Number,那我们可以在Output对话框中,选中Labels,然后选择ID number

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5. 点击OK主成分分析结果和相应的图如下所示。

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6. 图片调整。如果对上面的主成分得分图进行调整,双击图片,进入调整界面,进行相应的调整。比如我们想把两种诊断结果用不同的颜色表示出来,在下图的Group中单独给不同的分类变量(良性或者恶性)选择不同的颜色即可。

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7. 调整后的主成分得分图如下图所示。可以看到,良性和恶性在一定程度上可以区分开来。

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感兴趣的同学可以尝试并琢磨一下。

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