一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库
点击【医学方】  关注我们
一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

ChIP-Atlas集成了海量的公共ChIP测序资源,涵盖了提交给NCBI,DDBJ或ENA的SRA(序列读取档案)的几乎所有公共ChIP-seq数据,集成了超过279,000个实验数据,包括了6大物种(人类、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、酵母),4大功能。网址如下 :https://chip-atlas.org/   

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

下面逐一介绍这四大功能。

   峰浏览   

第一大功能

整合了所有峰调用(Peak call)数据,可以可视化指定基因组位点的组蛋白修饰和转录调节因子(TRs)的结合位点。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

   可以选择想查询的类型比如组蛋白或者转录因子等。
   选择组织类型,比如肝脏,肾脏等。
   可以选择峰值MACS2的统计学阈值,默认为50。如果在此处设置50,则在基因组浏览器IGV上显示Q值<1E-05的峰。
   输入想了解的转录因子,此处以FOXA2 为例。
   输入具体的细胞类型,此处以HepG2肝细胞为例。
 
选择完毕后,提前打开本地电脑中已经安装的基因组浏览器IGV,点击右下角view on IGV,就可以看到基因位置以及转录因子。(IGV可免费下载,关于IGV的使用另文介绍)

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

   目标基因   

第二大功能

可以显示转录因子-基因的相互作用。

首先选择物种,然后选择Antigen(此处以转录因子FOXA2为例),然后选择距离转录起始位点(TSS)的距离。常用为1k或者5k,根据文献以及背景知识可调整。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

点击右下角浏览目标基因(View Potential Target Genes),就可以看到结果了,按照得分的从高到低排序,红色的得分最高,横坐标以S开头的序列号代表不同的实验,包括了不同的细胞类型。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

这些结果,都可以下载到本地电脑上,用Excel自己筛选分析。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

   共定位   

第三大功能

 
可以查询和目标因子共定位的其他因子。在这里我们以用FOXA2和肝脏举例。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

结果可以看到和FOXA2 共定位的因子包括了FOXA1等等。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

 

   富集分析   

第四大功能

可以分析多个基因是否是否存在蛋白结合位点的富集。

我们可以输入一系列基因的名称,然后分析他们是否受到共同的转录或者表观遗传因子调节。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

结果可以看到列出了266个转录因子,同样也可以下载到本地用Excel重新排序。


一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库


该数据库的详细介绍已经发表,参见Shinya     Oki, Tazro Ohta, et al. ChIPAtlas:     a datamining suite powered by full     integration of public ChIPseq     data. EMBO Rep. (2018) e46255; doi: https://doi.org/10.15252/embr.201846255

 这个数据库有很多应用。举一个近期发表在Dev.Cell.杂志上的例子(B. Gerisch et al., HLH-30/TFEB Is a MasterRegulator of Reproductive Quiescence. Dev. Cell. 53, 316-329.e5 (2020))IF:10.1。

这篇文章主要研究了转录因子HLH-30在线虫衰老中的作用。作者对hlh-30突变的线虫做了RNA seq,发现了1660个下调和1781个上调的基因(Figure4D),然后利用ChIP-Atlas数据库第二大功能(TargetGene)预测并下载了HLH-30可能调控的靶基因,发现了重叠(overlap)出现的下调基因644,上调基因179个,相当于从其他实验中侧面验证这些转录因子调控这些靶基因的可靠性。
这里作者采用的预测标准是:距离转录起始位点±1kb , 平均 MACS2 binding score >50,结果来源于4个实验(实验名称:SRX331310, SRX331312, SRX331314,SRX331316)。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

另外一篇应用该数据库的文章发表在近期Cell Syst。D. Bunina et al., GenomicRewiring of SOX2 Chromatin Interaction Network during Differentiation of ESCsto Postmitotic Neurons. CellSyst. 0 (2020) (IF8.7)

文章利用了Chip-Atlas数据库的第三大功能:共定位,并且结合自身的多组学分析,研究了神经元分化过程中转录因子SOX2的时空改变以及与其他调节蛋白的共定位信息。

Venn图(原文Figure6A)显示了神经元中的SOX2相互作用体(基于作者自身的实验ChIP-SICAP and ChIP-MS)与来自ChIP-Atlas的数据的重叠。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

 
结合自己的研究内容和研究目的,这个数据库还有很多应用方式,在Chip-Atlas网站publication栏目上有很多应用这个数据库的文献,可供大家借鉴,举例如下:

  1. A. Hayashi et al., A unifying     paradigm for transcriptional heterogeneity and squamous features in     pancreatic ductal adenocarcinoma. Nat. Cancer. 1, 59–74     (2020), Link.
  2. J. P. Ray et al., Prioritizing     disease and trait causal variants at the TNFAIP3 locus using functional     and genomic features. Nat.     Commun. 11, 1237 (2020), Link.
  3. S. Pradhananga, R. Spalinskas,     F.-A. Poujade, P. Eriksson, P. Sahlén, Promoter anchored interaction     landscape of THP-1 macrophage captures early immune response     processes. Cell.     Immunol. 355, 104148 (2020), Link.
  4. Q. X. X. Lin, D. Thieffry, S.     Jha, T. Benoukraf, TFregulomeR reveals transcription factors’     context-specific features and functions. Nucleic Acids Res. 48,     e10 (2020), Link.
  5. E. Ferris, C. Gregg, Parallel     Accelerated Evolution in Distant Hibernators Reveals Candidate Cis     Elements and Genetic Circuits Regulating Mammalian Obesity. Cell Rep. 29,     2608-2620.e4 (2019), Link.

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库
END
一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库
征 稿 启 事

「医学方」现正式向粉丝们公开征稿!内容须原创首发,与科研相关,一经采用,会奉上丰厚稿酬(300-2000元),详情请戳

“医学方”始终致力于服务“医学人”,将最前沿、最有价值的临床、科研原创文章推送给各位临床医师、科研人员。

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

医学方已推出“实验室基础”“SCI写作技巧”“文献精读与解析”“医学英语轻松学”“国自然基金申请”“临床数据挖掘”、“基因数据挖掘”、“R语言教程”、“医学统计学”、“微创动物实验培训”等多个专题课程,如需了解课程详细推文,可关注“医学方”公众号,点击“精品专题”进入

腾讯课堂:https://medfun.ke.qq.com

网易云课堂:http://study.163.com/u/ykt1467466791112

客服电话:15821255568

客服微信:yixuefang1234

一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

温馨提示:医学方还设有专门的讨论群哦~各位明星导师都在群中,可以解答各位的遇到的问题,如有兴趣,可以加客服微信后加入群聊

你的每个赞和在看,我都喜欢!
一库在手,Chip测序分析不再愁 —ChIP-Atlas公共数据库

生物医学科研方法

分享|如何“复制”顶刊文章漂亮的配色?

2021-1-17 0:04:39

生物医学科研方法

不要动不动就CNS,动不动就指责别人在论文灌水!

2021-1-17 0:25:16