从人尿液中筛选单细胞测序实验技术复杂不

看到朋友圈小伙伴转发了一个有味道的研究:

研究者们收集了 12个中国成年人的尿液,we performed scRNA-seq on voided urine samples. 50–100 mL middle stream urine samples were collected from 12 Chinese healthy adults and combined for droplet-based single-cell RNA sequencing after flow cytometric sorting of live cells.

这个droplet-based单细胞转录组技术呢,在文章的附件里面提到了,就是大名鼎鼎的 10x Chromium Controller (10x Genomics). ,获得了 2200个细胞的数据,但是经过质量控制后留下来1010个细胞走后面的降维聚类分群注释分析流程。只有一个10X样品数据,所以12个中国成年人的尿液是混合在一起的。

质量控制也比较常规:We removed the low-quality cells with less than 200 or more than 5000 detected genes, or if their mitochondrial gene content was > 25%. Genes were filtered out that were detected in less than 3 cells.

接下来就是常规的,普通的质控降维聚类分群和细胞亚群的生物学注释,这样的分析是比较简单的,可以看看我们前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释  。

降维聚类分群注释

文章附件关于这个单细胞转录组数据分析的描述挺清晰的,15,760 genes X 1010 cells., 都是Seurat常规操作啦。

结果如下:

从人尿液中筛选单细胞测序实验技术复杂不

降维聚类分群注释

各个细胞亚群的标志基因

可以看到 4个免疫细胞亚群,Neutro, neutrophils; Mono, monocytes; DC, dendritic cells; T, T cells.  都表达 PTPRC (CD45)

从人尿液中筛选单细胞测序实验技术复杂不

 

另外就是3个上皮细胞亚群:

  • Tubu, tubular cells; 肾小管细胞 (KRT8+PSCA-)
  • Uroth, urothelium cells; 泌尿道上皮细胞 (KRT8+PSCA+)
  • Podo, podocytes肾小球足细胞; (NPHS2+)

也各自有自己的标记基因, 上面的一个小提琴图基本上涵盖了这个单细胞转录组数据的全部分析。

虽然研究者仅仅是用了一个单细胞转录组样品,但是成功的引出来了他自己的生物学故事,非常完美。是2021年1月9日,同济大学医学院左为教授与解放军总医院陈香美院士、蔡广研教授团队在*Protein& Cell期刊*(IF=10.164)的文章 Single-cell RNA-Seq analysis identified kidney progenitor cells from human urine ,链接是:https://link.springer.com/article/10.1007/s13238-020-00816-5

文章的附件也有一些更细化的单细胞分析,比如对上面的monocytes进行亚群再分群:

从人尿液中筛选单细胞测序实验技术复杂不

monocytes可以进一步区分成为两个亚群

还有对podocytes的再分群,我就不一一举例了,我们这个教程其实更想提出一个问题,就是:

人体尿液筛选单细胞测序实验技术复杂不?

哪个公司可以做啊!麻烦留言一下,最近总是有粉丝咨询我们各种稀奇古怪的实验材料,都想弄单细胞转录组,唉,超出我能力范围了,我压根就没有做过实验啊!

生物医学科研方法

英文文献总读个一知半解?985博士学长分享阅读经验

2021-1-17 5:16:09

生物医学科研方法

如今的测序和八年前的芯片差异大吗

2021-1-17 5:24:59