研究可变剪切,浙大版数据库才是真专业,你那顶多叫瞎折腾!

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分子生物学里有一个概念叫“顺式剪接”,意思是在同一个基因内,切除内含子,使相邻的外显子彼此相连的剪接方式叫做顺式剪接。

因为内含子和外显子有多个,所以如何“剪”和“接”也就形成了一个新的科学问题——“可变剪接”

一条未经剪接的RNA,含有多种外显子,可以被剪成不同的组合,可翻译出不同的蛋白质。就能将同一基因中的外显子以不同的组合方式来表现,使一个基因在不同时间、不同环境中能够制造出不同的蛋白质,增加生理状况下系统的复杂性或适应性。

做科研的如何研究可变剪切呢?“筛”和“猜”总得选一个。今天小鹿先给大家介绍个数据库,帮助大家去筛选、挖掘可变剪切,过阵子小鹿再给大家介绍一篇研究范文供大家参考学习。

这个数据库是来自浙江大学医学院出品的TSVdb,主要用来分析TCGA中的可变剪切。文章于2018年发表在BMC Genomics

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网址是:
http://www.tsvdb.com/index.html
网站主页如下,看上去就是茫茫一片蓝色,有种海洋、星空的感觉,想想也是,对做科研的人来说,征途就是星辰大海。
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下面和大家介绍下网站的使用:
点击上图中的“INSTRUCTION”可以查看官方的介绍,点击“START”就开始了探索分析之路。然后就会出现下图中的框框,大家可以点击选择自己感兴趣的肿瘤。我们以乳腺癌(BRCA)为例。点击“Select”
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然后会跳出对话框让我们输入基因,格式为“gene symbol”或者EntrezID,我们以例子中的“GAPDH”为例。
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然后就会跳出以下界面,这部分选择从不同角度进行定量,从exon level定量还是junction level定量。
 
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随后网站提示你进行表型选择,例如比较正常vs肿瘤(选sampletype),比较种族之间的差异(选race):
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我们以sampletype为例,查看下结果:
点击“Download Data”可以下载数据,点击“Save as PDF”、“Save as SVG”可以保存结果图片。双击图中像是信号一样不停震荡的曲线可以跳转至UCSC网站展示详细信息。
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而点击“GAPDH”那条代表基因表达量的浅绿色分布图或者点击左边代表不同剪接体的box可以跳转出以下界面,而"Show”中包含了不同的图形展示方式,看你喜欢哪一种。

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眼尖的童鞋应该注意到右上方有个“TIME”字样的曲线图,没错,那就是生存分析了。点击进去,可以看到如下这个图。
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值得提醒的是,基因或者剪接体如何分组是可以调整的,也就是说可以变化cut off值来定义高低。可以通过拖动红色箭头指示的那个灰色box来调整,也可以点击右边的表达值,然后会跳转出一个框框,让你手动输入cutpoint value,实现重新分组,帮助找到好的分组方式和结果。
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以上就是对这个网站的简单介绍,对可变剪接有兴趣的同学,或者还在寻找科研方向的同学不妨学习一下如何使用这个简单好用,美观大方的工具,技多不压身,祝大家都能找到好东西。


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