10X单细胞转录组部分cluster再分群分析直播问答合集

10X单细胞转录组部分cluster再分群分析直播问答合集

上周三,联川云平台开发团队成员赵丽萍小姐姐直播为大家讲解了《10X单细胞转录组部分cluster再分群分析》,干货满满,听到就是赚到!错过的老师们可扫码观看直播回放:


10X单细胞转录组部分cluster再分群分析直播问答合集

直播时收集整理了大家提出的问题,在这里统一给出文字解答:

1

多少算作表达呢?看原始的count还是看什么?

每个细胞中每个基因的表达量是有具体统计的,不是原始的count表达量,而是标准化+中心化的表达量。

2

这个会进行批次效应去除么?

默认是不进行批次效应去除的,您选择在是否使用harmony去除批次效应参数前选择是否勾选。

3

resolution最小可以多少?

这个值没有固定的数值,该参数可以控制获得的cluster数目,默认该参数为0.8,如果您想获得更多的cluster数目适当的调大该数值,如果您想获得更少的cluster数目适当的调小该数值。但是如果resolution太小,细胞cluster分不开,就达不到细胞分群的目的了。

4

resolution可以0.05吗?

可以的,您都可以尝试,但resolution是否有意义就不一定了。

5

tsne范围是多少?

不清楚老师具体意思,这个参数是不需要调整的。

6

选择除批次效应,样本细胞数较少会出错么?

样本细胞数较少出错和批次效应无关,一旦细胞数小于100个,就会报错,无法进行下游分析。

7

导入文件有没有什么格式要求

不需要额外导入文件,只需要选中您想要分析的合同号即可。

8

请问marker基因怎么选择呀?

此次分析不需要额外选中marker基因,如果您想说的是如何寻找marker进行细胞鉴定。那么您可以通过这4种方法尝试:

1)singleR自动化注释(这部分结果已经给到您,您可以参考是否包含);

2)阅读课题相关或相同组织的单细胞文献,寻找对应细胞类型的marker;

3)cellmarker等数据库查找;

4)组织英文名+marker查询文献。

9

多个样本怎么分析?

您只需要在选择需要分析的样本中勾选多个样本即可。

10

怎么知道要做的细胞是什么啊?

这部分分析需要老师细胞鉴定之后根据想要亚群细分的某种细胞类型再进行。

11

 monocle轨迹在线平台可以分析吗?

这个功能即将上线,敬请期待。

12

 怎么将再分群的结果和原来大类结果合并?

不可以合并,因为分析的背景细胞不同。

13

单个样本的数据可以单独下载吗?

可以的。

14

输入字体有限制?

暂时没有,如果老师您发现有问题,可以随时和我们联系,我们可以进行改进。

预告

1月15日(明晚)8点,联川云平台开发团队成员白文文小姐姐将在B站为大家讲解“进化树+靶基因预测”扫码关注“联川生物”可获取最新直播动态哦。

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