如何利用 SEA 数据库进行超强子研究应用

超级增强子作为细胞识别基因的重要调控子,其调控机制的深入解析将有助于揭示干细胞多能性、定向分化和癌症重要的调控子。对于具体癌症类型中的超级增强子的识别和深入分析将为个体医疗提供重要的靶标。

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张岩教授团队开发了 SEA v.3.0 提供跨多个物种的所有可用 SE 信息的全面数据库,并将促进超级增强子的研究,特别是与发育和疾病相关的研究。该数据库是集超级增强子查询、下载、可视化、分析于一体的综合平台,提供标准查询、基因组浏览器、个性化分析工具和 SEs 数据下载;提供超级增强子区域的染色质相互作用、SNPs、转录因子结合位点和 SpCas9 靶位点的信息。嵌入基于香农熵的工具用于评估 SEs 细胞类型的特异性。

丁香学社,作为科研人专属视频学习中心,邀请到张岩教授为大家带来精彩视频分享。张教授一直从事生物信息学领域的教学及科研工作。研究方向涉及到临床医学数据、肿瘤生物学、发育生物学等领域的数据分析及技术平台开发。系列研究成果发表在 Nucleic Acids Research、Molecular Oncology、Development、Epigenomics、Briefings in Bioinformatics、Database 等杂志上。

01

SEA 数据库与超级增强子

通过本课程学习,我们将学到:

1、SEA 3.0 中超级增强子的识别;

2、SEA 3.0 数据库的查询使用方法;

3、目前关于超级增强子的相关数据库;

4、案例介绍超级增强子在揭示癌症机制中的应用

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02

科研视频学习,尽在丁香学社

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图源:丁香通设计团队

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