工具篇|Hiplot--实名强推这个科研数据可视化平台,专业!好用!精美!

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今天要给大家推荐一个巨好用的科研数据可视化平台--Hiplot

推荐理由:功能强大,汇聚了上百款绘图小工具;简洁好用,支持中英文环境简直不要太友好;赏心悦目,科研绘图也可以很精美。总之有了它,生信零基础轻松绘制高大上的数据图表,终于可以跟R语音、graphpad、origin通通“say good bye”了!

Hiplot网址:https://hiplot.com.cn/

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现在Hiplot平台上数百款绘图工具是有了,接下来小编会陆续更新这些工具在科研文章中的具体使用场景和图表的结果解读,希望能够帮助忙碌的科研工作者更轻松便捷地利用好这些工具。今天就以文章案例讲解矩阵气泡图的应用!

矩阵气泡图简介

矩阵气泡图可以用来展示多个维度的信息,x轴(横坐标)是样本名或者是不同的细胞类型,y轴(纵坐标)是基因名,气泡的大小表示基因在不同样本/细胞的表达量,坐标轴相同的多个数据集可以用一张气泡矩阵图来展示,也可以添加分组信息进行分组设置。

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文章案例

这是一篇单细胞RNA测序研究心肌梗塞疾病的文章,文章题目:Single-cell expression profiling reveals dynamic flux of cardiac stromal, vascular and immune cells in health and injury。

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文章利用矩阵气泡图展示了多个巨噬细胞标记基因在不同样本中的各种亚型细胞中的表达情况。图中横坐标表示3个分组样本的5种细胞亚型,纵坐标表示标记基因,气泡大小表示标记基因的表达量,气泡颜色区分不同的分组样本。

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案例复现

下面就展示利用Hiplot平台的矩阵气泡图工具复现文章中这个图的具体操作。(其实所有绘图软件最重要的两步就是输入数据的整理和绘图参数设置)

(1)输入数据:矩阵气泡图的输入数据至少要有三列信息:第一列是x轴,在这里我们输入髓系细胞亚型(M1MoM1MΦM2MΦ...);第二列是y轴,输入巨噬细胞的标记基因列表(Ednrb Ccl24 Ltc4s...);第三列是数值,这里输入标记基因在不同亚型细胞中的表达量;文章中还展示了不同样本的信息,所有我们增加一列分组设置,在第四列输入不同分组的样本名(Sham MI-day 3MI-day 7

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(2)参数设置:矩阵气泡图的参数设置很简单,只要设置图片的标题,主题颜色及图片格式等通用的绘图参数即可,也可以直接选择默认参数。点击提交即生成一张精美的矩阵气泡图,直接用于文章发表完全没问题呢!

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PS:在这里小编要提一个意见了,参数设置那里的颜色主题参数,提供的都是一串串英文字符,小编选择的时候完全不知道哪个是自己想要的主题颜色呢。据说Hiplot平台支持用户在线反馈意见和建议,小编一会儿就去提交这个意见,大家也可以积极参与哦!


注:此推文未经许可禁止转载!
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