Robust rank aggregation (RRA)快捷工具

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“(Robust rank aggregation,RRA)[1]法是一种利用概率模型整合排序列表的方


1. 研究背景


在以前的教程中,小编给小伙伴们介绍使用R软件包sva的combat函数进行去除批次效应,来解决一些肿瘤或疾病数据集中样本不足的情况。


今天给大家介绍使用稳健排序整合(Robust rank aggregation,RRA)[1]法是一种利用概率模型整合排序列表的方法,有研究将其用于整合多组芯片数据基因列表,取得良好的效果。


2. 分析方法


【网址导航】


http://sangerbox.com/Tool

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【示例数据】

 

Robust rank aggregation (RRA)快捷工具

【下载数据】


在sangerbox云平台上下载两套数据,将数据中一个基因对应多个探针取的情况取中值,然后将表达矩阵和样本信息导入到个人中心,进一步将表达矩阵下载到本地,用Excel表格去除多个基因对应一个表达值的行。


注意:用Excel打开基因表达矩阵时候一定要用EscapeExcel插件打开,请参考教程这插件太好用了吧,保证基因名的正确性


【差异分析】

用limma小工具对两套数据中肿瘤样本和正常样本进行差异分析,请参考教超简单!limma快速差异分析工具!,结果如下:

 

Robust rank aggregation (RRA)快捷工具

注意:两个数据集做差异时,样本类型顺序应该保持一致,如tumour-vs-normal。


【RRA数据合并】

这个小工具的输入文件为根据特定的阈值筛选出来的差异基因结果文件,且文件中只包含两列数据,即Genesymbol和Foldchange,输入的参数如下图所示。不过小编在这里建议小伙伴们用几套数据中共有的差异基因作图,做出来的图片颜值贼高。

 

Robust rank aggregation (RRA)快捷工具

结果文件:


Robust rank aggregation (RRA)快捷工具


参考文献

[1].Kolde R, Laur S, Adler P, Vilo J. Robust rank aggregation for gene list integration and meta-analysis. Bioinformatics. 2012;28(4):573-580.

[2]. Liu X, Wang J, Chen M, Liu S, Yu X, Wen F. Combining data from TCGA and GEO databases and reverse transcription quantitative PCR validation to identify gene prognostic markers in lung cancer. Onco Targets Ther. 2019;12:709-720. Published 2019 Jan 21. doi:10.2147/OTT.S183944


Robust rank aggregation (RRA)快捷工具

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