nanopore第9期培训班(线上)本周开课

从2019年11月到2020年12月,我们已经完成了8期纳米孔测序数据分析培训班,5期线下,3期线上。累积学习人数超过200人,为大家带来及时实用的纳米孔数据分析技能。由于近期疫情的影响,我们再次将第9期培训班改为线上。本期主题围绕“nanopore宏基因组测序数据分析”,nanopore测序实时,快速,便携,长度长,高通量等诸多特点,特别适合微生物研究。在新冠病毒研究以及后续病毒溯源方面都会有重要的应用。本次培训班,我们将系统介绍纳米孔测序在宏基因组中的应用,通过本次培训班你将完成以下六大主题:1、熟悉纳米孔测序;2、病原微生物快速鉴定;3、新冠病毒宏基因组测序样本检测;4、临床样本致病菌检测;5、宏基因组数据分结果可视化;6、纳米孔宏基因组拼接;

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  课程特色  

nanopore第9期培训班(线上)本周开课

1、内容丰富,循序渐进,从零基础开始学习;

2、 以完整项目为案例,提供超高配置服务器亲自上手操作,快速掌握技能;

3、分为两个周末,中间留有五天练习时间,效果更佳;

4、线上教学,可以周末在家中学习,提供录屏,可供回看;

5、130多页讲义,400多张PPT,600多行案例代码提供丰富学习材料。

nanopore第9期培训班(线上)本周开课

  主讲老师  

nanopore第9期培训班(线上)本周开课

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王通
曾任职于华大基因,11年以上生物信息分析经验,擅长基因组拼接,处理过细菌,真菌,宏基因组,动植物,病毒,RNAseq等各种物种基因组拼接,处理过illumina,454,pacbio等测序技术数据。nanopore测序技术专家,阅读nanopore相关文献百余篇,撰写nanopore测序技术数据分析中文专栏,已完成nanopore培训8期。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业,主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者,已制作视频500集以上。目前已在北京、上海、广州、深圳、哈尔滨、杭州、武汉、南京、长春、青岛、重庆、海口等组织41场培训班,培训经验丰富,线上线下累计学员超过6000多名。公众号“基因学苑”作者,已写作生物信息教程600多篇。
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  课程安排  

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(根据教学进度现场情况适当调整进度)

时间

主题

课程安排

1月9日

了解宏基因组

一、宏基因组简介

宏基因组简介

当前宏基因组取得成就

扩增子与宏基因组测序比较

宏基因组测序技术难点

纳米孔测序技术介绍

纳米孔测序在宏基因组研究中的应用

 二、纳米孔测序原理

选择合适的纳米孔

纳米孔测序原理

不同测序平台比较

纳米孔测序错误问题

软件和数据库

三、熟悉Linux系统

登录Linux系统

传输文件

Linux基本操作

目录结构

编写脚本

1月10日

配置数据库

 四、利用bioconda管理生物软件

安装bioconda

纳米孔测序分析软件安装

宏基因组分析软件安装

五、配置数据库

nt/nr库

物种分类数据库

refseq数据库

下载练习数据

物种分类鉴定

六、纳米孔数据处理

fast5文件格式

利用guppy进行basecalling

拆分barcode

fastq文件格式

利用nanopplot进行数据质控

利用filtlong进行数据过滤

 

1月11-15日,自学Linux

1月16日

微生物鉴定

七、物种分类鉴定

物种分类原理

几种分类算法的比较

利用centrifuge进行物种分类

建立索引

结果解读

结果过滤

可视化Pavian  

 八、新冠病毒样本检测

新冠病毒宏基因组测序检测

 九、临床样本检测

文章介绍

详细解读

去除宿主

富集目标序列

生物信息方法过滤宿主

临床样本鉴定

十、饱和度评估

饱和度评估

批量处理多个样品鉴定

1月17日

分组比较

十一、megan结果可视化

megan简介

合并多样本结果

准备输入文件

数据可视化

 十二、stamp分组比较

stamp简介

spf文件

准备输入文件

两组比较

多组比较

结果可视化

宏基因组拼接

十二、纳米孔宏基因组拼接

宏基因组拼接原理

为什么宏基因组拼接这么难?

需要测序多少数据?

利用metaFlye拼接宏基因组

组装结果优化原理

medaka组装结果纠错

pilon组装结果纠错

racon组装结果纠错

从宏基因组中拼接中得到细菌完成图

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  报名须知  

nanopore第9期培训班(线上)本周开课
培训时间:
第一阶段:2021年1月9日~10 日,
第二阶段:2021年1月16日~17 日,每天上午9:00~下午17:00
培训费用:4900元 
上课方式:腾讯会议直播

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  付款方式  

nanopore第9期培训班(线上)本周开课

付款方式:银行对公转账
户      名:
青岛同源基因科技有限责任公司
开户银行:
中国建设银行青岛高新区支行
账户:
37101006101052502221

也可以公务卡微信支付宝扫码支付等,会议通知等请联系工作人员。

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  报名方式  

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  常见问题  

nanopore第9期培训班(线上)本周开课

1、零基础是否可以学会?

完全没有问题,我们本次培训班会从零开始,一步步带领大家逐步熟悉nanopore测序相关的原理以及具体操作。不要害怕自己是零基础,如果不学习,永远都是零基础。

2、为什么分为两个阶段?

四天课程,刚好那个到两个周末,第一阶段学习完成之后,可以利用五天时间夯实基础,熟悉Linux操作,后面学习第二阶段更加容易。以往连续3天或者5天,内容密度较大,需要一定时间消化吸收。这样分为两个阶段可以有更好的培训效果。

3、上完课就能够自己做分析了吗?

可以,我们课上会演示大量操作案例,将脚本以及案例数据放到服务器上,只需要替换为自己数据即可完成分析。

4、可以开发票吗?

可以,可开具培训费,会议费,数据分析费,技术服务费,测序服务费等。包括培训通知,发票更加具体内容可加微信联系。

5、需要做哪些准备?

添加微信报名,报名之后会进入培训交流群,我们会提前介绍腾讯会议的具体使用,以及预习Linux操作部分。

6、视频可以回看吗?

可以,我们会将培训内容进行屏幕录制,上传到腾讯课堂,每个报名学员可免费获赠一份,有效期五年,可以反复观看,反复学习。

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