宏基因组/微生物组杂志简介及2020最新影响因子

2020年6月29日,2019年度的影响因子发布了,各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。

作为本领域的专业公众号,每年都会借此机会系统介绍一下本领域的杂志,为同行文献阅读、文章投稿的杂志选择、以及毕业升职加薪助力。

祝大家2020都能实现自己的一个小目标,集齐CNS或子刊!

后台回复影响因子,获得2020最新完整版影响因子总表,同时还整理了微生物领域、生物技术与应用微生物领域、环境科学、以及精选本领域相关期刊等详细专业子表。

综合类

综合类就直接上CNS,也称NSC,不熟悉这个新词那应该还不算生物领域的同行。较去年相比,Nature微降0.3,Science微涨0.8,Cell上升2.4实现3连涨。

期刊名称 2019 2018 2017 2016
Nature 42.77 43.07 41.577 40.137
Science 41.84 41.037 41.058 37.205
Cell 38.63 36.216 31.398 30.41

自然 Nature

期刊简介:IF(2019): 42.77(↓);中科院一区;周刊;版面费:无;年发文量:900篇

期刊网址:https://www.nature.com/

点评:公认最顶级的综合期刊,影响因子多年稳定在40左右,一直位于CNS之首。近年来微生物组文章多次成为封面,也是同行神往的杂志。但一年仅900多篇的版面,来自全球所有领域的一流高手竞争,发表一篇还是比考上清华难10倍以上(详见:在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难?)。其首轮拒稿率就有85%以上,相信感受过其投稿被拒的同行们应该深有体会。Nature的投稿周期比较长,第一轮决定、一审和接收的时间中位数分别为8、45和224天,接收后还有2-3个月的修改和校对,通常1年能接收就算极幸运的啦!详见:https://www.nature.com/nature-research/about/journal-metrics

小编有幸投过三次,一次直接被拒,两次送审后被拒,至今无发表记录,希望有缘再见。Nature还是比较喜欢菌群研究论文的,发表过多次菌群专刊,我们收到最多的投稿解读都来自此杂志,相关链接如下:

  • Nature:何胜洋和辛秀芳组发表植物叶际微生物组稳态机制*

  • Nature:人类胎盘应该真的是无菌的

  • Nature:中科院先进院发现空间扩展生境定殖的进化稳定性策略

  • 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望

  • Nature:iHMP之“微生物组与炎症性肠病”

  • Nature:iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”

  • Nature:人体菌群研究的25个里程碑

  • Nature:首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究

  • Nature:TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育

  • Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应

  • Nature:皮肤微生物群-宿主相互作用

  • Nature:真菌由肠道入侵胰腺定植富集Malassezia菌

  • Nature:肠道菌如何影响大脑,帮助消除恐惧相关的行为

  • Nature:微生物的胆汁酸代谢物调节宿主肠道特异Treg细胞的稳态

  • Nature专题:肠道菌群研究的现在和未来

  • Nature:在人类肠道营菌群中发现获得性细菌防御基因

以上这些全是Nature的文章,如果加上其子刊和综述类,占比可达本公众号涉及文章的50%,可见Nature系统在本领域的统治地位。

自然系统等级简介

首先要知道,自然杂志是一个自主办刊多达50本杂志的出版集团,自上而下分为五个等级体系,每一级如果被拒稿可依次往下申请转稿(transfer)。

  1. 自然(Nature)。综合期刊,接收最顶级的研究,同时要考虑非同行的读者可以阅读或有广泛受众的要求。年发文900篇文章左右,有略微增长的趋势,但限于纸质版和周刊的限制,文章量上升空间有限,版面极稀缺,此杂志绝对是让博士瞬间变博导的第一神器,如遗传发育所的李姗凭借Nature封面文章,博士毕业直接成为南京农业大学最年轻的教授、博士生导师,详见 https://baike.baidu.com/item/%E6%9D%8E%E5%A7%97 。

  2. 自然子刊(Nature XXX)。XXX代表专业领域顶级期刊,影响因子范围一般10 - 40,影响因子因学科不同存在很大差异,但不影响其作为各领域顶级期刊的地位。虽然自然生物技术(15年引影响因子43分)高于自然(38分)5分多,但很多文章仍是自然拒稿转投的产物。自然主刊的认可度和传播影响是其他子刊杂志无法比拟的。

  3. 自然通讯(Nature Communications)。简称NC,主要发表开创性研究成果,主要承接自然及子刊拒稿的顶级研究。开放获取,但收取文章处理费用(Article processing charges,简称APC)$5,380,近4万人民币(虽然子刊有可能没有通讯影响因子高,但定位是高于通讯的)。NC影响因子比较稳定,但发稿量逐年快速增加,19年发表5000多篇,中国是第二大发文国,近三年发表3639篇,照这速度发展不跌都很难。

  4. 通讯系列(Communications XXX)。承接自然子刊和通讯拒稿,要求有一定创新性研究成果,2018年创刊,其中与我们相关的通讯生物(Communications Biology)发文量908篇,今年获得首个影响因子 4.1,将来大概率在8分以上,值得关注。开源,APC $3,290,约2.33万元。 主页:https://www.nature.com/commsbio/

  5. 科学报告(Scientific Reports)。影响因子3.9,五连跌。即能承接上面4级筛选后的文章,肥水不流外人田;又可以抢占开放获取市场巨大的蛋糕,文章只要求科学性,不要求创新性,接收率60%。近3年发表文章6万多篇,中国大陆发表14,534篇,是本刊第二大金主(原来是第一大,本刊近年国内口碑差,中国发文量一年下降5千多篇)。要知道每篇文章的出版费用达人民币1.32万元(1870$),1.4万篇文章的资金流水近2亿多元。详见主页:https://www.nature.com/srep/

虽然目前自然出版集团杂志种类不多,但占领了各领域的高端用户,并作凭借其影响力,火力全开吸纳中低端用户,5级金字塔模式——精确满足不同层次客户的文章发表需求,在科研领域的影响力无人能比。此外Nature还众多知名机构合作期刊,如本土一哥Cell Research (20+),此外还有还众多npj开头的合作创办杂志,玩法多多,全面迎合快速发展的学术出版领域。

科学 Science

期刊简介:IF(2019): 41.845(↑); 中科院一区;周刊;年文章数800篇。

期刊网址:http://www.sciencemag.org/

点评:顶级的综合期刊,生物领域CNS三巨头之一,文章正文篇幅短小,题材偏科普,要求受众广泛。近两年影响因子稳定40以上,审稿意见要求照顾非专业读者的可读性,还是很有前途的,近年来微生物组文章多次成为封面,也是同行神往的杂志。如上图左1的封面即为中科院微生物所王军老师共同一作的代表性研究成果。

小编也参与投稿过两次,一次直接被拒,只能换杂志了,最后我们投了《中国科学》;另一次投稿送审,第一轮大修并被拒,按要求补实验后重投,再次送审返回意见小修,并改Report为Article,并按审稿人建议将拟南芥的研究补充水稻和小麦的以拓展研究意义的广泛性和扩大读者群后,最终被《科学》接收,而且制作了封面但没有被选中。能搭上Science的车可让成果传播极广,即使我研究植物微生物组这么小众的领域,文章发表后当月阅读过万,一年引用高达61次(另一篇类似的工作在中国科学仅有15次引用),这也许才是大家想发CNS的最终目的——更广泛的科学传播。

Science也比较喜欢菌群研究,本平台导读过如下相关成果:

  • Science:拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组* 专家点评

  • Sciences:用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌!*

  • Science综述:利用根际微生物组提高作物抗旱和产量

  • Science:肠道菌群又添一大功能,揭示你的真实年龄

  • Science:亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用

  • Science:又一明星菌群可以调控肠道免疫?

  • Science:固氮(The nitrogen fix)

  • Science:比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制

  • Science评论|只需加一种菌,番茄不仅抗盐胁迫还提高65%产量!

  • Science:微生物组“淘金热”,从人体中发现新型抗菌剂

  • Science:病原菌激活植物内生菌群的抑病功能

  • Science:综述肠道菌群如何影响社交行为

  • Science: 微生物组是宿主新兴表型的来源

  • Science:充满铵盐的环境依然发生固氮

细胞 Cell

期刊简介:IF(2019): 38.637(↑2.4); 中科院一区;双周刊;年文章数400篇。

期刊网址:https://www.cell.com

开放获取:$5900 (https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes),4万多人民币,但好像能发表的人群中没人在乎这价格

点评:生物领域顶级期刊,CNS三巨头之一,文章正文篇幅长(Nature最多6个图,Cell允许7个图),要求机理解析清楚,学术性非常强,插图摘要(Graphic Abstract)是其杂志的一大特色,影响因子稳定在30以上,连续四年上涨。小编投过一次送审,建议大修并拒稿,按要求修改后连同审稿意见转投Nature Biotechnology一轮小修后接收。此外Cell杂志社的OA费用一般都价值不菲,很多在5000刀上以,详见 https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes 有Cell各杂志文章AO价格表。

2018年三月推出的菌群专刊(上图左1),让无数同行为之疯狂:

  • Cell:22篇微生物文章为微生物组打Call

本平台导读过如下相关成果,2篇研究,2篇方法,4篇综述和2篇新冠:

  • Cell:中科院遗传发育所周俭民受邀综述植物免疫激活及信号传导的最新进展

  • Cell:土传遗产

  • Cell:植物根系如何允许有益微生物定植的

  • Cell综述:人类肠道菌群-从关联到调控

  • Cell :根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存

  • Cell:新方法PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动

  • Cell:小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质

  • Cell:绝对异养型生物改造成完全自养型生物

  • Cell二连发 | 广东CDC/耶鲁大学利用纳米孔测序揭示中/美新冠病毒基因组流行病学传播规律

为什么我们很少推送Cell的Aritle文章呢?因为文章太长,无论是编辑整理,还是同行手机阅读,都不太适合。在文献科普导读领域,有热心肠己经非常专业了,有更深层次需求的专业人士,自然会仔细阅读原文。

美国科学院院报 PNAS

期刊简介:IF(2019): 9.412(→);中科院一区;周刊;年文章数约3200篇。

期刊网址:http://www.pnas.org/

点评:其全称为 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾经是综合期刊类影响因子世界第三,现己被后起之秀National Science Review、Nature Communications、Science Advances、Advanced Science等新兴期刊超越。但其强大的院士编委团队、总引用量还是可以和CNS比肩的。比较有特点的是院士贡献机制,每位美国科学院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的机会,即采用审稿人指定两位同行院士直接审稿的机制。有人认为Contribute有灌水嫌疑,也有人认为此类文章更有价值(用人单位更愿意选择有多篇Contribute PNAS的作者作为引进人才,正是看中你院士导师对你的认可,和他强大的院士朋友圈,万一投稿不顺还可以求助前老板发动技能来个PNAS保底)。

值得注意的是,综合杂志上发表的生物学文章,一般真实引用都是高于杂志影响因子的(因为生物圈子足够大,学科交叉强,引文偏多三大因素),都是杂志中拉分的主力。如我们报导过的下面这篇文章,发表5年,引用800多次,比Nature平均引用还要高4倍多。

  • PNAS:水稻微生物组

这里还要提另一个件事也能证明PNAS的江湖地位。某研究所4个人申请博新计划,2人各有一篇PNAS才9分全部入选,2人有Cell Rsearch近20分都没有入选。是对本国杂志不自信,还是更看重PNAS的国际影响力吗?个例,没有统计为意义!仅供参考。

  • PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌

  • PNAS:人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象

  • PNAS:病原菌在植物免疫下的转录组

  • PNAS:根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康

  • PNAS:玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读

  • PNAS:人工构建玉米极简微生物组

  • PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿?

  • PNAS:问微生物群落演替之随机性与确定性过程-谁主沉浮

自然通迅 Nature Communications

期刊简介:IF(2019): 12.121(↑0.2); 中科院一区;通常简称NC,19年文章数5444篇。文章处理费用,$5380(近4万,真的好贵,发不起),中国是第二大发文国,17-19三年累计发表3639篇,平均每月过100篇,每天3.3篇,天天有也不算什么新闻了。

主页:https://www.nature.com/ncomms

影响因子较稳定,而其中的生物学文章更是拉分能手,但发文量持续增加,个人持看跌的态度。如:

  • NC:菌物组构建—-随机性v.确定性、干旱胁迫、宿主筛选、统一动态(郭良栋、杨军点评)*

  • NC:沈阳生态所揭示病原真菌和昆虫对温带森林木本植物物种共存的重要作用

  • NC:全球柑橘根际微生物组的结构和功能

  • NC:16S序列预测培养基配方

  • Nat. Commun.:降低微生物群落复杂度突破组装难题

  • NC:恢复菌群多样性或能降低耐药性

  • NC:蜜蜂肠道微生物的多样性

  • NM:全球污水处理厂细菌群落揭秘!

  • NC:南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能

  • NC:你觉得你吃的是草,其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)

  • NC:应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳(纯网络分析发Nature子刊)

  • NC:南土所贾仲君组-稻田甲烷氧化的微生物机制

  • NC:免疫组库高通量分析工具:IGoR——更精确剖析免疫组库

Nature子刊

自然生物技术 Nature Biotechnology

期刊简介:IF(2019): 36.558(↑5); 月刊,分类为生物技术与应用微生物(Biotechnology & Applied Microbiology), 中科院一区;年文章数100篇左右。

点评:本期刊文章量少,年均100篇左右,却拥有4万左右的引用量,影响因子波动3-5分比较正常,但无论它是30分还是40分,绝对不会影响它作为生物领域技术一哥的地位。小编参与投稿此杂志两次全中,一篇作为封面文章发表(上图右),另一篇是QIIME发表一年被近引500多次,以后有技术类的文章仍然首选此刊!

此刊发表有大量本领域的方法、软件、测评的文章,上图中的三期封面分别为:18年11月宏基因组建库组装方法、19年2月超高速细菌基因组检索、和19年6月水稻根系微生物组,本平台均进行了专题报导。此外,我们还报导多篇此杂志文章如下:

  • NBT:19新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究

  • NBT:南农突破成果—噬菌体:土壤“狙击手”激发根际防御军团(附视频)*

  • NBT封面:纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

  • NBT:MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布

  • NBT:线虫的工程细菌共生体提高对西方玉米根虫的生防潜力

  • NBT:利用血液代谢组预测肠道微生物组的多样性

  • NBT:利用细胞甘油三酯存储提高链霉菌中聚酮类化合物的效价

  • NBT:根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理

  • NBT:宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性

  • PICRUSt——16S预测宏基因组

  • DNA提取也能发Nature?

  • NBT:实验vs分析,谁对结果影响大

  • NBT:高通量测序16S及18S rRNA全长

  • NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning

自然方法 Nature Methods

期刊简介:IF(2019): 30.822(↑2); 月刊,生物化学研究方法(Biochemical Resarch Methods),中科院生物化学研究方法 ( 一区 );年文章数150篇左右。

方法学神刊,影响因子在30左右波动,生物学软件方法、评测类文章能发于此,是很多同行的追求(极少数可发NBT,如PICRUSt 2和QIIME2,但可望而不可及),此杂志要求不仅要软件好用,更要结合具体科研项目提供新的发现。如扩增子领域的UPARSE、DADA2、UniFrac、SourceTracke、FEAST等,宏基因组领域的MetaPhlAn2、HUMAnN2、Salmon等均发表于此杂志,本平台报导此杂志文章如下:

  • Nature Methods:快速准确的微生物来源追溯工具FEAST

  • SourceTracker—微生物来源分析

  • DADA2中文教程v1.8

  • MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成

  • Nature Method:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析

  • Nmeth:DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

  • Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集

  • 不比对快速估计基因丰度Salmon

  • Nature Method :Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

Salmon是一个能看出平台重要性的例子。同一个软件在bioRxiv上两年多才引34次,发布在Nature Methods上不到2年就引用622次。相同时间引用差距达20倍,所以好方章有好的宣传平台太重要了,结果不言而喻。

其它自然子刊

自然子刊的成员非常之多,但定位均高于Nature Communications,虽然有些子刊影响因子低于NC,但也是有被拒后转稿至NC的机会。

下方再简介几个我们报导过微生物、菌群相关文章的子刊:

Nature Medicine:IF(2019): 36.130(↑6); 中科院一区;月刊,年文章数190篇。

  • Nat. Med.:iHMP之“微生物组与早产”

  • Nat. Med.:婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态

  • Nat. Med.: 菌群与疾病的关:先有鸡还是先有蛋?

Nature Genetics:IF(2019): 27.603(↑2); 月刊,遗传学 (一区);年文章数200篇。近5年影响因子连续下降,今年略微上升,也许和GWAS热度下降有关,但微生物组的GWAS才刚刚开始

  • Nat. Genet.:微生物如何适应植物的? 评论 正文

Nature Plant:IF(2019):13.256(→); 植物学 (一区)。 曾经的植物学霸主Plant Cell目前只有9.6,不知什么心情,但大家都很努力,比如PC也开办了公众号,要求接收稿件配套写好中、英宣传稿,也是很有效果的。

  • Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组

  • NP:华中农大Kenichi Tsuda组利用植物体内原位细菌转录及蛋白组学鉴定寄主免疫攻击的病原菌蛋白

此外还有Nature Geoscience:IF(2019): 13.566;Nature Ecology & Evolution:IF(2019): 12.541 等杂志也会发表微生物组相关文章。

微生物组领域

目前微生物组还不是学科大类,最相关的分类是微生物、生物技术与应用微生物两个大类。

我们查询了Journal Citation Reports中的Microbiology类别共134本杂志,下图为前9名的杂志。公众号后台后台回复“IF”获得详细列表。

我们发现有6本是综述,只有3本是研究论文型杂志,分别是Cell和Nature子刊,以及Microbiome,特点是全部10分以上。我们将先对研究型杂志进行简介,再系统介绍综述杂志。

细菌宿主与微生物 Cell Host & Microbe

期刊简介:IF(2019): 15.923(↑); 月刊,分类为微生物学(microbiology)、寄生虫学(parasitology)和病毒学(virology), 中科院一区;年文章数130篇左右。

期刊网址:https://www.cell.com/cell-host-microbe

开放获取:$5200 (https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes),近3.7万人民币,要是能中估计没人差钱

编委:杂志编委(Advisory Board)目前共有43人,共有三位华人入选,分别为美国科学院院士董欣年(Xinnian Dong
)、北生所(NIBS)的邵峰和中科院遗传发育所的周俭民研究员。

总结:前几年影响因子持续走高,去年下降2分,今年略微上升,近5年范围12-18分间波动,仍然保持微生物领域影响因子最高的专业杂志(综述除外,自然微生物综述34.2/临床微生物综述22.5高于此杂志),但一哥的位置也受到了新办Nature Microbiology的挑战。小编负责微生物组分析的文章有幸在此杂志发表过一篇,感觉标准和Cell差不多,特点是篇符长,对方法和数据公开要求严格,主要承接Cell中被拒的优秀微生物稿件。本平台也导读过多篇此杂志文章如下:

  • Cell子刊:中科院遗传发育所周俭民组发现特异靶向病原菌致病力的植物天然产物并阐明作用机制*

  • Cell子刊:发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关,携带者体内酒精可达健康人4-6倍

  • CHM:中山大学李剑峰组揭示植物利用细菌获得真菌抗性

  • CHM综述-建立因果关系:合成菌群在植物菌群研究中的机会

  • CHM:根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系

  • CHM:成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关

  • CHM:碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解

  • CHM:新生儿肠道微生物菌群研究

  • CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关

自然微生物 Nature Microbiology

期刊简介:IF(2019): 15.5(↑1.2); 微生物学1区;18年文章数141篇,19年上涨至236篇。

期刊网址:https://www.nature.com/nmicrobiol

周期:第一轮决定、一审、和接收的中位数分别为5,41和206天。

随着微生物组领域大热,自然杂志虽然已经有合作发行的ISME统治微生物领域,但也继续发力自主创办了微生物学子刊,该杂志18年首次获得影响因子即破14,19年微涨,20年继续上涨,将来稿源会更加充足,水平有望进一步稳中提升,直接填补了本领域从40分(CNS)到10分(Microbiome、ISME)中间的巨大的空白地带。会与Cell Host & Microbe竞争专业一哥的位置,且稿件研究内容更加偏重机理,与ISME的文章类型存在较大差异。

在已经有Nature Reviews Microbiology的条件下,该杂志仍继续约大牛发综述,也接受软件类文章,充分保证其影响因子处于高位,估计明年可能拿下Cell Host & Microbe成为新一哥。

  • Nat Micro综述:肠道菌群如何划分肠型

  • Nat Micro软件:DAStool利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

  • Nat Micro:房刚组揭示细菌表观遗传调节艰难梭菌孢子形成*

  • Nat Micro:视频解读!铁载体:作物根际稀缺资源保卫战的“秘密武器”

  • Nat Micro:微生物组数据系统发育分析的方法

  • Nat Micro:全球污水处理厂细菌群落揭秘!

  • Nat Micro:植物根系分泌物影响菌群结构

  • Nat Micro:丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用

  • Nat Micro: 西农大许金荣课题组在小麦赤霉病研究领域取得重要突破

  • Nat Micro: 四分之一常用的非抗菌药物,居然也会抑制人体肠道菌群?

微生物组 Microbiome

期刊简介:IF(2019): 11.607(↑1.2),三连涨; 网络刊,中科院一区;近4年文章数分别为63/154/220/151篇。

期刊主页:https://microbiomejournal.biomedcentral.com/

本领域我个人最喜欢专业期刊,名字起的好,发展没烦恼。当年我们创办公众号就想注册微生物组这个名字,结果被人抢注了。只能退而求其次选择了宏基因组。该杂志中国目前仅有两人在编委之列,分别为前华大基因组王俊(编委会成员),和南京农业大学的成艳芬教授(动物微生物组方向副主编)

本杂志获得影响因子仅有5年(微生物组兴起也就近10年),发文量逐年增长较快,但在19年有明显下降,有利于其进一步提高质量和提高影响因子。本刊在同行中影响很大,我们也导读过其多篇文章,偏方法多一些,估计将来会稳中有升。优点是网络期刊,不限篇幅,有的文章图很多,要求数据必须公开且尽量提供可重复代码;缺点也很明显,如图片全为位图不清楚且不可检索,文章质量和Nature子刊差距明显,没有封面等。

大陆为本杂志第二大稿源,近3年已发表100篇,下面是20多篇我们报导的文章,多半是同行发表文章的作者解读:

  • Microbiome:华中农大谢卡斌组利用CRISPR系统减少16S rRNA基因测序宿主污染*

  • Microbiome:南土所孙波组揭示间作重塑根际微生物组并促进生长的机制

  • Microbiome:南京农大团队在粘细菌捕食的生态学功能方面取得重要进展

  • Microbiome:中外合作揭示微生物群落降解复杂微生物聚合物的酶(视频导读)

  • Microbiome:环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布*

  • Microbiome:土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环*

  • Microbiome:40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制 新闻稿:南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制*

  • Microbiome:根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌*

  • Microbiome:马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展*

  • Microbiome:所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗?*

  • Microbiome:鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)*

  • Microbiome:应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关*

  • Microbiome:利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组*

  • Microbiome:随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建*

  • Microbiome:扩增子16S分析苏铁类植物微生物组*

  • Microbiome:韦中组揭示根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素*

  • Microbiome:野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应

  • Microbiome:微生物在植物世代之间的旅程

  • Microbiome:南农张瑞福团队揭示放牧引起草原微生物组变化驱动土壤有机碳的转化和生产力的提升

  • Microbiome:中科院遗传发育所揭示植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组

  • Microbiome:土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力

  • Microbiome:NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler

  • Microbiome:首个地球微生物“社会关系”网络在浙大绘制!

  • Microbiome: 再论扩增子功能预测分析(Picrust)的效果

微生物生态交叉学科杂志 ISME Journal

期刊简介:IF(2019): 9.180(↓);月刊,中科院一区;年文章量250篇左右。

期刊网址:http://www.nature.com/ismej

全称Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生态交叉学科杂志),主编是英国纽卡斯尔大学的Ian Head
,也由Nature出版社发行,但是合作关系,微生物领域老牌顶级杂志,之前仅次于Cell Host & Microbe排名第二,目前被新办的Nature Microbiology和Microbiome超越,排名第4,但并不影响它在大家心目中的地位,而且文章类型偏生态和交叉学科,也与前3名的杂志定位明显不同。近5年发稿量和影响因子非常稳定。2019时中国仅有两人入选编委,全部来自上海交通大学,分别为生命科学技术学院副院长赵立平(高级主编Senior Editor)和海洋学院的张宇副研究员(编委会)。2020年5月新增2人,分别是南京土壤研究所的褚海燕研究中和香港中文大学的助理教授罗海伟。

本刊近3年中国发文83篇,仅少于美国德国法国排名第四,下在是公众号解读本刊的文章如下:

  • ISME:中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应*

  • ISME:群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存*

  • ISME:污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃*

  • ISME:城环所杨军组揭示水库蓝藻影响真核浮游生物的群落演替和物种共存*

  • ISME:宿主性别可以决定肠道微生物对寄生虫感染的响应*

  • ISME:华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系

  • ISME:病原菌介导植物根际有益微生物群落组装

  • ISME:菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸

  • ISME:微生物生态学中的挑战:建立对于群落功能与动态的预测性认识

  • ISME:高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般?

  • ISME:相关分析在微生物生态学中的应用与误用

肠道微生物 Gut Microbes

期刊简介:IF(2019) 7.740(→); 双月刊,SCI微生物领域1区。

期刊主页:https://www.tandfonline.com/toc/kgmi20/current

Gut Microbes获得第二个影响因子,与去年基本持平, 近三年文章数稳定在50左右。中国发文章较少,近3年仅发文4篇,下面是公众号解读的一篇:

  • Gut Microbes:南医大刘星吟团队揭示肠道微生物与孤独症相关*

美国微生物学会 mSystems/mBio

期刊主页:https://msystems.asm.org/

mSystem 期刊简介:IF(2019) 6.633(↑);  微生物学一区,自2017年至今第3次获得影响因子,影响因子稳中带升,双月刊。由美国微生物学会主办,由Jack A. Gilbert创办并兼任主编,17-18年文章数量分别为77/133/202,逐年倍增,影响因子近两年也稳定于6以上。编委中2名来自中国,分别为中科院青岛能源所的徐健(高级编辑)和中科院南京土壤所的褚海燕(编委)。对中国较友好,中国大陆发文量仅次于美国,排名第2,近3年发文62篇。

下面是宏基因组公众号报导本杂志的相关文章:

  • mSystems:南昌大学徐振江团队发现微生物预测年龄皮肤比肠道更准确

  • mSystems:南京土壤所褚海燕组受邀发表微生物生物地理学综述(官方配视频简介)

  • mSystems: 南土所褚海燕组揭示了大空间尺度下空间比季节对土壤微生物群落的影响大

  • 相对丰度会歪曲实际丰度,联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗?

期刊主页:http://mbio.asm.org/

期刊简介: IF(2019) 6.784(→); 微生物学一区。近五年文章数从400增加到600左右,稳中带升,影响因子也稳定于6以上,审稿周期平均1.4个月,由美国微生物学会主办。编辑团队中无中国人参与,中国大陆发文量排名第4,近3年共发表125篇。

  • mBio:微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性

微生物学前沿 Frontiers in Microbiology

期刊主页:http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology

期刊简介: IF(2019) 4.235(→); 微生物学一区但较边缘,年文章数2000多篇,之前快速增加,2019年略有下降,影响因子稳定在4以上,审稿周期平均1.8个月。由于其巨大的发行量,我们平时会经常看到它的文章,我国是本刊第一稿源国,近三年发表2601篇。

  • FM:大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力

应用与环境微生物学 Applied and Environmental Microbiology

https://aem.asm.org/

AEM 期刊简介:IF(2019) 4.016(→);  微生物学二区,生物技术与应用微生物一区,半月刊。由美国微生物学会主办,年文章数量约为600篇左右。编委中1人来自中国,是中科院微生物研究所前所长刘双江。对中国较友好,中国大陆发文量仅次于美国,排名第2,近3年发文399篇。更多介绍详见下方链接:

  • 环境&微生物期刊—Applied and Environmental Microbiology

  • 应用微生物学和生物技术领域优质期刊介绍:Applied Microbiology and Biotechnology

其他微生物期刊

临床传染病 Clinical Infectious Diseases

https://academic.oup.com/cid

期刊简介: IF(2019) 8.313(↓); 医学    1区、IMMUNOLOGY 免疫学 1区、INFECTIOUS DISEASES 传染病学 1区、MICROBIOLOGY 微生物学 1区。近五年文章数稳定在550左右,影响因子也稳定于9以上,今年首次降为8。

生物膜与微生物组 npj Biofilms and Microbiomes

https://www.nature.com/npjbiofilms/

期刊简介: IF(2019) 7.067(↑),新杂志,第3个影响因子,实现二连涨(4→6→7); 微生物学一区。年文章数30左右,影响力非常有限。

临床微生物与感染 Clinical Microbiology and Infection

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/14690691

期刊简介:IF(2019): 7.117(↑2),近5年持续增长; 月刊;MICROBIOLOGY 微生物学 和 Infectious diseases 感染疾病 1区;近3年文章数分别为188/232/256篇,文章量稳定增长。中国大陆近三年有59篇文章发表,全球排名第10。

公共图书馆-病原学 PLoS Pathogens

https://journals.plos.org/plospathogens/

期刊简介:IF(2019): 6.218(↓),近5年稳定6以上,但略微下降; 月刊;MICROBIOLOGY 微生物学、病毒学、寄生虫学1区;近3年文章数分别为620/565/534篇,文章量稳定但略微下降。中国大陆近三年有222篇文章发表,全球排名第3。

综述

自然综述:微生物学 Nature Reviews Microbiology

https://www.nature.com/nrmicro/

期刊简介:IF(2019): 34.209(→),微生物领域唯一过30的杂志,月刊, 微生物学一区;年文章数50篇。随着微生物组领域大热,该杂志近5年影响因子持续走高,前年直接提高5分破30,去年又涨3分,今年基本持平。可见微生物组领域的大热势不可挡。

点评:自然综述系列,定位和自然子刊水平差不多,找最顶级的大牛写最全面的综述,基本都是约稿,被约的人都是在主刊和子刊发表系列工作、开创新领域的大佬们,能被约就是对你大佬身份的认可。近3年中国大陆发表9篇,排名第11位,表明我国在微生物组顶级领域的引领力和影响力仍需进一步提高。

作为连续走高且30分以上综述,确实篇篇给力,只要和你的研究相关,确实值得精读,一篇顶百篇,超级系统的入门材料,相关文献一网打尽。还不知道如何入行的,快找两篇和你相关的文章,读懂读透,可最高效入行。本平台报导多篇:

  • NRM:手把手教你分析菌群数据 2020更新

  • NRM:微生物构成的氮循环网络

  • NRM:人类微生物培养及培养组学

  • NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态

  • NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性

  • NRM: 追“根”溯源:植物根际的微生物生态

  • NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用

  • NRM:呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人

  • NRM:微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

临床微生物学综述 Clinical Microbiology Reviews (CRM)

https://cmr.asm.org/

期刊简介:IF(2019): 22.556(↑5); 微生物学 1区,唯一的20分档杂志,也由美国微生物学会主办,季刊;年文章数30-35篇。

微生物学与分子生物学综述 FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/15746976

期刊简介:IF(2019): 13.920(↑2); 微生物学 1区,由欧洲微生物学会(Federation of European Microbiological Societies, FEMS)主办,双月刊;近3年文章数分别为57/43/33篇,呈现逐年递减。

  • FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪

  • FEMS: 森林微生物组多样性,复杂性和动态变化

微生物学趋势 Trends in Microbiology

https://www.cell.com/trends/microbiology

期刊简介:IF(2019): 13.546(↑2); 微生物学1区,由Cell出版,月刊;近3年文章数均为76篇。中国近3年发表20篇,排名第8。

  • TM:微生物稀有生物圈群落装配过程

  • TM:宿主-细菌界面的MicroRNA:宿主防御或细菌攻击

微生物与分子生物学综述 Microbiology and Molecular Biology Reviews (MMBR)

https://mmbr.asm.org/

期刊简介:IF(2019): 12.568(↓3); 微生物学1区,美国微生物学会主办,季刊;近3年发文20/17/15篇。近3年中国发表3篇。

微生物学年评 Annual Review of Microbiology

https://www.annualreviews.org/journal/micro

期刊简介:IF(2019): 11(↑),近5年一直在10左右; 微生物学1区,年评是一类超长综述,相当于简单教程,通常几十页,按年发行,类似年鉴,本杂志自1947年起发行超过70年;近3年发文分别为37/24/30篇。近3年中国发表5篇。

  • ARM:植物微生物组的生态学与进化

微生物学现状 Current Opinion in Microbiology

https://www.sciencedirect.com/journal/current-opinion-in-microbiology

期刊简介:IF(2019): 8.134(↑2); 双月刊;MICROBIOLOGY 微生物学 1区;近3年文章数分别为123/109/72篇,文章量进一步下降,表明杂志稿源竞争激烈,但影响因子进一步上升,表明本领域发展趋势向好。

小编团队去年受邀撰写了一篇,而且正由小编主笔。此杂志只接受约稿,连注册和投稿的地方都没有,只能从编辑发给的邀请链接方可进入。Current系列是短文形式,要求3000字以内,一般1-2个图,与Nature和Annual的长综述完全相反。由于内容较少,这也限制了其影响因子,很难突破10。优点是短文章写作较容易,一般1周左右可完成初稿,但从此杂志文章量逐年下降,也看到了其难约稿的尴尬境地。因为10分以的综述确实很难约大牛,而且去年连7分不到,远低于我所的平均分,对老板一般没啥吸引力,助手写写还算凑合。而且此期刊对中国人约稿较小,近三年仅有4篇文章发表,全球排名19位。

由于短文学习容易,公众号也分享过多篇相关文章:

  • COM:遗传发育所白洋组发表重组菌群体系在根系微生物组研究中应用综述*

  • COM:下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求

  • COM:病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用

  • COM:根系-土壤-微生物互作

  • COB:自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解

  • COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学

其他综述

微生物学评论 Critical Reviews in Microbiology 期刊简介:IF(2019): 7.349(↑2); 季刊;MICROBIOLOGY 微生物学 1区
;近3年文章数分别为42/44/41篇,文章量稳定。表明杂志稿源竞争激烈,但影响因子进一步上升,表明本领域发展趋势向好。中国近三年有20篇文章发表,全球排名第2,第一名居然是印度发表了22篇。

环境科学

水研究 Water Research

https://www.journals.elsevier.com/water-research

期刊简介: IF(2019): 9.130(↑2),历史最高7分直接破9; 环境科学/水资源/工程 1区,由国际水学会(International Water Association (IWA))创办的期刊,近3年文章数分别为803/840/940篇,发文量和影响因子持续上升,审稿周期平均2.0个月。

  • WR:微生物污染源解析中宿主特异性标记物在中国的表现特征*

GLOBAL CHANGE BIOLOGY

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/13652486

期刊简介: IF(2019): 8.555(→),影响因子近5年一直保持8~9之间,环境科学/生态学/生物多样性保护 1区,近3年文章数分别为424/491/321篇。近3年中国发文203篇,排名第5。

  • GCB:农田土壤丰富真菌比稀有真菌适应更广(一作解读+主图重现)

环境科学与技术 Environmental Science & Technology

https://pubs.acs.org/journal/esthag/

期刊简介: IF(2019) 7.864(↑),影响因子4连涨;环境科学与生态学    1区,半月刊,年文章数1500篇左右。

  • EST:广东生态所孙蔚旻团队发表尾矿微生态调查两部曲

  • EST:李芳柏团队揭示微生物介导的砷氧化耦合硝酸还原

国际环境  Environment International

https://www.journals.elsevier.com/environment-international

https://www.sciencedirect.com/journal/environment-international/

期刊简介: IF(2019) 7.577(↓),影响因子结束3连涨。朱永官院士为本杂志主编之一,环境科学1区,月刊,近3年文章数分别为262/572/864篇,文章成年倍增,要小心影响因子跳水。近3年中国发文618篇,排名第2,与第一名美国相近。

  • EI:南土所褚海燕组发现农业土壤微生物核心菌群能够提升土壤生态功能

清洁生产 Journal of Cleaner Production

期刊主页:https://www.sciencedirect.com/journal/journal-of-cleaner-production

期刊简介: IF(2019) 7.246(↑1); 绿色可持续 、环境科学、工程环境1区,一年30期,年文章数量逐渐上涨,近4年分别为2006、2753、3801和4059篇。虽然IF也是持续上涨,但随着发文量的上涨放缓,明年的IF可能会有趋于稳定。近3年中国发文3,938篇,排名第1,占本杂志文章近一半的比重,真是对国人太友好啦。

点评:笔者19年初合作在上面发表过一篇,状态还是相当不错,一年多时间即被引用21次。

  • JCP:曝气生物滤池处理焦化废水过程中N2O和NO的产生机理与群落功能研究*

环境污染 Environmental Pollution

https://www.journals.elsevier.com/environmental-pollution/

期刊简介: IF(2019) 6.792(↑1),影响因子2连涨。环境科学1区,月刊,近3年文章数分别为1084/1480/1615篇,文章量快速增,要小心影响因子跳水。近3年中国发文2184篇,排名第1,占本杂志文章近一半的比重,真是对国人太友好啦。

  • EP:广东省生态环境技术研究所孙蔚旻团队: 梯田土壤微生物对不同酸性矿山废水侵蚀作用的响应机制*

环境微生物 Environmental Microbiology

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/journal/14622920

期刊简介:IF(2019): 4.933(↓↑); 微生物学1区,月刊;年文章数378/365/308/324篇,整理较稳定。

经典老牌杂志,但影响因子大多数杂志是普涨的前提下,居然近5年形成下降趋势,今年又落回5分以内,很多博士又无法达到毕业要求了。近3年中国发文207篇,排名第2,感觉对国人也比较友好。

  • EM:不同气候条件下土壤稀有与丰富微生物类群的分化策略

医学顶级期刊

医学领域四大神刊是每个医生或学生的梦想。其按照影响因子出场如下:

  • New England Journal of Medicine (NEJM, 74.699↑, 新英格兰医学杂志)

  • Lancet (Lancet, 60.392↑, 柳叶刀)

  • Journal of the American Medical Association (JAMA, 45.540↓, 美国医学会杂志)

  • British Medical Journal (BMJ, 30.223↑, 英国医学会杂志)

这四个杂志发表了很多微生物的文章,但目前与我的研究方向关系不大,很少读,希望将来有合适的课题,优势互补,开拓一下这些神刊。

  • NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效,Immunity|LGG促进生骨

肠道 Gut

期刊简介:IF(2019): 19.819(↑2),只差一点点就过20大关了,明年应该有很大希望; GASTROENTEROLOGY & HEPATOLOGY 胃肠肝病学 1区,医学1区,月刊;年文章量近200篇。近几年肠道菌群大热,Gut上也表达了大量菌群研究的工作,每期必备Gut Microbiota栏目,也推动了本杂志影响因子6连涨,从10分达到今年19。

下文是中科院北京生科院赵方庆团队王金峰的作品,由一作导读的两篇文章。

  • 一作解读Gut:人体最初的微生物起源与生殖健康

  • Gut:人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律* 科普:口腔微生物“你的大能量,超乎我想象”

本杂志相关文章的解读

  • Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好,直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎

  • Gut菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解

  • Gut-口腔微生物可以预测直肠癌

国内杂志推荐

目前国内SCI杂志数量超过200种,有很多高水平的杂志值得关注,而且这些杂志也非常关注微生物组领域的研究,有好成果发表在国内好杂志,不是更好的选择吗?

细胞研究 Cell Research

https://www.nature.com/cr/

期刊简介:IF(2019): 20.160(↑3); 细胞生物学 (一区);近3年文章数量76/68/61篇。一直是中国杂志IF的一哥,从15年前1分一路涨到现在的20多分,中国办刊的榜样。

我们报导过其中3篇:

  • Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌

  • CR:潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制

  • Cell Research:华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律

真菌多样性 Fungal Diversity

https://www.springer.com/journal/13225

期刊简介:IF(2019): 15.386(→); 真菌学一区;近3年文章数量21/23/20篇。紧次于CR,昆明植物所办刊,4年从6分升为15分,今年又能保持,真是可喜可贺。年发文量太少是唯一的缺点,限制了期影响力的进一步发展,但真菌的领域有员有限,文章多了更难保持影响因子。

  • Fungal Diversity:70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统

蛋白与细胞 Protein & Cell

http://www.protein-cell.org/

期刊简介:IF(2019): 10.164(↑)。中科院北京生科院所和生物物理所主办的杂志,饶子和院士任主编,近4年从3.8分稳步增长,今年影响因子破10,值得同行关注。2018年组织了微生物组专刊,今年再次组稿微生物组专刊2.0,我也有幸受邀撰写了一篇综述,过两天将在宏基因组公众号和大家分享中文翻译版。

  • PC:解析宿主基因组和微生物的复杂互作

  • PC: 对菌群影响药效和毒性的全面总结*

分子植物 Molecular Plant

https://www.cell.com/molecular-plant

期刊简介:IF(2019): 12.084(↑2)。中科院上海植生所主办的杂志,近10年从2分稳步增长,今年影响因子破12,值得同行关注。也非常关注植物微生物组领域,和病原菌等领域。

  • MP综述:植物-微生物互作的系统生物学

  • MP:微生物跨界平衡维持植物健康

  • MP:中科院微生物所郭惠珊组和中科院上海植物逆境中心段成国组合作揭示油菜生长与免疫动态调节的新机制

  • Plant Com:绝对定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术简介* 全文解读

科学通报 Science Bulletin

http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SB

https://link.springer.com/journal/11434

期刊简介:IF(2019): 9.511(↑3)。中科院主办的杂志,首次获影响因子即破4,3年跨越式发展破9,明年必破10。交叉学科综合类,近3年发文量为166/165/172,绝大多数为国内发文,潜力极大,也关注微生物组,同行值得同行关注。

  • Science Bulletin:上海植生所王二涛组发表基于绝对定量丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型*

  • 张和平:益生菌、肠道菌群与健康 |《科学通报》专辑

基因组蛋白质组与生物信息学报 Genomics Proteomics & Bioinfomatics

https://www.sciencedirect.com/journal/genomics-proteomics-and-bioinformatics

期刊简介:IF(2019): 7.051(↑1)。中科院基因组所主办的杂志,前年首次获影响因子即破6,去年基本持平,今年继续发力破7。文章偏生信、基因组和蛋白组,非常关注宏基因组。大家亲切的称它为基因组所刊,近期还成立了中国的大数据中心GSA,无论是投稿,还是数据共享,都值得同行关注。

小编在4年前投过此杂志,审稿和后期处理速度很快,从投到接收不到一个月,其工作效率可见其前途无量。

  • GPB:农业生产活动对水体微生态的重要影响

  • GPB:菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制

大科学 GigaScience

https://academic.oup.com/gigascience

期刊简介:IF(2019): 5.993(↑1); 交叉学科1区;年文章数47/139/133/157篇左右。大家亲切的称它为华大学报,关注大数据还是有钱途的。

此杂志从前年的7.2直接跳水为4.6,还是挺吓人的,今年回升为5.9符合预期。原因主要有两点,1. 之前发表了Plink2软件引用占总引用的40%,但进入第3年不计入影响因子计算;2. 杂志这两年发文章直接提高了3倍也需要适应。以目前的体量,上升较难。此杂志还有一个特点是国内办刊,但发行国不是中国,而且国刊占比不是最高,投稿最多的是美国。

我们报导过其中两篇,分别为数据分析框架和MWAS分析的工作,如下:

  • GigaScience:ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

  • GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

此外,具我所知,中国农业大学的周欣教授,新加坡基因组研究所的李陈浩博士也都在此杂志上发表过多篇高水平文章,值得关注。

遗传学报 Journal of Genetics and Genomics

http://www.jgenetgenomics.org/

https://www.journals.elsevier.com/journal-of-genetics-and-genomics/

期刊简介:IF(2019): 5.065(↑)。月刊,年文章量50篇左右。中科院遗传发育所、中国遗传学会主办的杂志,主编左建儒,影响因子近10年稳步增长,从0.3起步,今年成功破5,值得同行关注。

  • 还在为投文章发愁吗,也许你更适合审别人的文章——JGG期刊专职编辑招聘(IF>4)

中国科学生命科学 Science China-Life Sciences

http://life.scichina.com

https://www.springer.com/journal/11427

期刊简介:IF(2019): 4.611(↑)。月刊,近3年发文127/135/125篇。中国科学生命科学,由中科院主办,李家洋院士任主编,今年影响因子4.6,连续7年走高且实现3倍增长,预计明年将破5。审稿速度快,上图左1我负责分析的文章封面文章从投稿到接受只有7天,可见编辑部的工作效率,将来必有更大发展。但受总发稿量较大,题材广泛,很难有最快速发展。

目前已经开始关注本领域的研究,小编在此杂志发表过2篇文章,如前年6月的封面文章即为水稻微生物组相关工作,去年也发了一篇拟南芥微生物组的工作,是投资的潜力股,将来有机会破10的杂志,成为中国的PNAS,值得同行关注:

  • SCLS: 中国科学7月微生物组专刊:赵立平、秦楠、东秀珠领衔

  • SCLS:水稻微生物组时间序列分析*

  • SCLS:拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组*

  • 中国科学:植物免疫研究与抗病虫绿色防控:进展、机遇与挑战

小知识:影响因子

影响因子的计算

ISI每年出版JCR期刊引用报告 (Journal Citation Reports)评估期刊的影响力。

JCR对12500多种期刊(网络版) 之间的引用和被引用数据进行统计、运算,并针对每种期刊定义了影响因子 (IF: impact factor)等指数加以报道。

影响因子计算如下:IF = (某刊前2年发表论文在该年的被引用次数) / (该刊前2年发表Article+Review论文总数)

提高引响因子的十条建议

根据上面的计算公式,我们发现可以通过增大分子(引用次数)、减小分母(论文总数)来快速提高影响因子。

具体的作法有哪些呢?

  1. 编辑的眼光:倾向选择将来2年内容易获得较高引用的研究方向和内容;

  2. 出版平台:同样的文章在Nature大平台曝光会比在bioRxiv上引用高5倍,目前国内杂志也多与Nautre、Cell、Springer等平台合作,借船出海,是当前比较好的选择;

  3. 社交平台:宣传很重要,成果由编辑部、作者共同经tweet、朋友圈和公众号介绍给同行;文章和杂志同行没听过,如何引用你!推荐杂志社要办自己的自媒体,如公众号,更要多与一些同行大号合作,如BioArt、植物科学最前沿、热心肠先生等合作。当然我们的“宏基因组”在本领域也是有一定影响力的,超9万多同行关注,欢迎同行杂志合作。现在Plant Cell接收的文章就要求必须提交中/英文的新闻稿件啦!

  4. 开放获取:没名气还收费,谁还愿把好文章投你。Protein cell坚持免费+OA的模式绝对良心杂志;

  5. 约稿大牛:这需要关系,发动编辑、主管领导、及二级人脉,无论什么手段,拿到高质量的稿件是最实在的东西;约大牛当guest editor:办热门领域专刊,只赚不赔;但一般杂志不好时,很难有人愿意投,除非是关系或院士贡献(院士发文章就不重要了,不需要别人评价他);

  6. 发表时间:通常年初发表的的文章,在JCR统计中更容易积累更多引用,杂志社倾向将高引文章年初发表,低引年末发表;

  7. 口味的倾向:现在生物学交叉学科众多,如生信、软件、方法和宏基因组等热门方向,都是生物杂志应优先考虑的;

  8. 综述:综述通常是比研究更容易引用的,一般引用率是研究型文章的2倍以上,保证一定比例的大牛综述很重要;

  9. 可视化和分析软件及流程:研究被引用频率不会太多,但通用的分析、可视化是很多人需要求,好的生物软件、在线server、分析流程绝对受同行欢迎,NAR的很多引用都来自其web server专刊;

  10. 减小分母:注意,有些文章是可以被引用,但并不计入影响因子计算的论文总数,如letters to the editor、comment、news、annoucement、outlook、persepctive等类型(其特点是没有摘要或参考文献的文章)不会作为Article或Review作为可引用文献被JCR统计,但它们的引用是统计入分子的。将潜在低引文章转换类型,增加这些类型文章的比例,增加存在感,减少文章作为分母。

杂志影响因子列表

仅列出了本领域我们熟悉的4分以上杂志列表,按影响因子排序。

注:文本版方便复制、检索

Rank Full Journal Title IF
2 NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE 74.699
5 LANCET 60.392
12 JAMA 45.54
15 NATURE 42.778
16 SCIENCE 41.845
21 CELL 38.637
22 NATURE BIOTECHNOLOGY 36.558
23 NATURE MEDICINE 36.13
26 NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY 34.209
35 NATURE METHODS 30.822
38 BMJ-British Medical Journal 30.223
44 NATURE GENETICS 27.603
64 CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS 22.556
71 Nature Climate Change 20.893
78 CELL RESEARCH 20.507
85 GUT 19.819
112 National Science Review 16.693
120 Science Translational Medicine 16.304
128 Cell Host & Microbe 15.923
129 Advanced Science 15.840
132 Nature Microbiology 15.54
133 FUNGAL DIVERSITY 15.386
164 FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS 13.920
174 Nature Geoscience 13.566
175 TRENDS IN MICROBIOLOGY 13.546
184 Nature Plants 13.256
185 Science Advances 13.116
198 Annual Review of Neuroscience 12.547
199 Nature Ecology & Evolution 12.541
209 Nature Communications 12.121
212 Molecular Plant 12.084
224 Microbiome 11.607
244 GENOME RESEARCH 11.093
252 Annual Review of Microbiology 11.000
256 GENOME BIOLOGY 10.806
272 Nature Protocols 10.419
282 Protein & Cell 10.164
304 PLANT CELL 9.618
316 Science Bulletin 9.511
318 PNAS 9.412
333 ISME Journal 9.180
334 WATER RESEARCH 9.130
368 Cell Systems 8.673
371 Journal of Crohns & Colitis 8.658
379 NEW PHYTOLOGIST 8.512
393 CLINICAL INFECTIOUS DISEASES 8.313
412 CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY 8.134
414 Cell Reports 8.109
439 Gut Microbes 7.740
486 CRITICAL REVIEWS IN MICROBIOLOGY 7.349
519 CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION 7.117
534 npj Biofilms and Microbiomes 7.067
539 GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS 7.051
575 mBio 6.784
656 Cell Discovery 6.255
660 PLoS Pathogens 6.218
718 GigaScience 5.993
987 Journal of Genetics and Genomics 5.065
1048 ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 4.933
1216 Science China-Life Sciences 4.611
1439 Frontiers in Microbiology 4.235
1491 Communications Biology 4.165
1608 APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 4.016

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Reference

JCR https://jcr.clarivate.com/

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